Patpat: a public proteomics dataset search framework.
Patpat: a public proteomics dataset search framework.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btad076
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发表时间：
2023-02-03
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随着FAIR（Findable、Accessible、Interoperable、Reusable）原则在蛋白质组学领域被广泛接受，在ProteomeXchange和人类蛋白质组组织蛋白质组学标准倡议的指导下，蛋白质组学公共数据库一直在提供用于编程访问的应用程序编程接口。基于从蛋白质组学数据生成逻辑，我们提出了 Patpat，这是一个可扩展的框架，用于搜索公共数据集，合并多个数据库的结果，以帮助研究人员在庞大的质谱分析中找到他们感兴趣的蛋白质。 Patpat 结合多个数据库结果的 2D 策略允许用户仅提供蛋白质标识符即可获取相关数据集的元数据，从而提高蛋白质组数据的“可查找性”。 Patpat框架在Apache 2.0许可下开源发布，源代码存储在GitHub（https://github.com/henry-leo/Patpat）上并且免费提供。 补充数据可在生物信息学在线获取。
As the FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) principles have become widely accepted in the proteomics field, under the guidance of ProteomeXchange and The Human Proteome Organization Proteomics Standards Initiative, proteomics public databases have been providing Application Programming Interfaces for programmatic access. Based on generating logic from proteomics data, we present Patpat, an extensible framework for searching public datasets, merging results from multiple databases to help researchers find their proteins of interest in the vast mass spectrometry. Patpat’s 2D strategy of combining results from multiple databases allows users to provide only protein identifiers to obtain metadata for relevant datasets, improving the ‘Findable’ of proteomics data. The Patpat framework is released under the Apache 2.0 license open source, and the source code is stored on GitHub (https://github.com/henry-leo/Patpat) and is freely available. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
14.9
作者：
Ma J;Chen T;Wu S;Yang C;Bai M;Shu K;Li K;Zhang G;Jin Z;He F;Hermjakob H;Zhu Y
通讯作者：
Zhu Y
影响因子：
14.9
作者：
Perez-Riverol Y;Bai J;Bandla C;García-Seisdedos D;Hewapathirana S;Kamatchinathan S;Kundu DJ;Prakash A;Frericks-Zipper A;Eisenacher M;Walzer M;Wang S;Brazma A;Vizcaíno JA
通讯作者：
Vizcaíno JA
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作者：
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通讯作者：
Gorshkov, Mikhail V.
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作者：
Deutsch EW;Perez-Riverol Y;Carver J;Kawano S;Mendoza L;Van Den Bossche T;Gabriels R;Binz PA;Pullman B;Sun Z;Shofstahl J;Bittremieux W;Mak TD;Klein J;Zhu Y;Lam H;Vizcaíno JA;Bandeira N
通讯作者：
Bandeira N
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作者：
Lykke-Andersen, J;Shu, MD;Steitz, JA
通讯作者：
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