iProX: an integrated proteome resource.
iProX: an integrated proteome resource.
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DOI：
10.1093/nar/gky869
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发表时间：
2019-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhu Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ma J;Chen T;Wu S;Yang C;Bai M;Shu K;Li K;Zhang G;Jin Z;He F;Hermjakob H;Zhu Y
在公共存储库中共享研究数据已成为学术界的最佳实践。随着海量数据的积累，网络带宽和存储需求迅速增加。ProteomeXchange （PX）联盟实现了一种集中元数据和分布式原始数据管理的模式，促进了有效的数据共享。为了促进全球蛋白质组学数据的开放获取，我们开发了蛋白质组学综合资源iProX (http://www.iprox.org)，作为收集和共享蛋白质组学实验获得的原始数据、分析结果和元数据的公共平台。iProX存储库采用基于网络的蛋白质组数据提交流程和基于质谱的蛋白质组数据集的开放共享。此外，它还部署了广泛的受控词汇表和本体来注释蛋白质组学数据集。用户可以使用GUI通过基于aspera的快速传输工具提供和访问数据。iProX是PX联盟的正式成员；所有发布的数据集都可以免费向公众开放。iProX基于高可用性架构，已部署为中国蛋白质组学基础设施的一部分，确保长期稳定的资源支持。iProX将促进蛋白质组学实验的全球数据分析和共享。
Sharing of research data in public repositories has become best practice in academia. With the accumulation of massive data, network bandwidth and storage requirements are rapidly increasing. The ProteomeXchange (PX) consortium implements a mode of centralized metadata and distributed raw data management, which promotes effective data sharing. To facilitate open access of proteome data worldwide, we have developed the integrated proteome resource iProX (http://www.iprox.org) as a public platform for collecting and sharing raw data, analysis results and metadata obtained from proteomics experiments. The iProX repository employs a web-based proteome data submission process and open sharing of mass spectrometry-based proteomics datasets. Also, it deploys extensive controlled vocabularies and ontologies to annotate proteomics datasets. Users can use a GUI to provide and access data through a fast Aspera-based transfer tool. iProX is a full member of the PX consortium; all released datasets are freely accessible to the public. iProX is based on a high availability architecture and has been deployed as part of the proteomics infrastructure of China, ensuring long-term and stable resource support. iProX will facilitate worldwide data analysis and sharing of proteomics experiments.
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DOI：
10.1093/database/bat009
发表时间：
2013
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Mayer G;Montecchi-Palazzi L;Ovelleiro D;Jones AR;Binz PA;Deutsch EW;Chambers M;Kallhardt M;Levander F;Shofstahl J;Orchard S;Vizcaíno JA;Hermjakob H;Stephan C;Meyer HE;Eisenacher M;HUPO-PSI Group
通讯作者：
HUPO-PSI Group
DOI：
10.1074/mcp.m117.068429
发表时间：
2017-07
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Vizcaíno JA;Mayer G;Perkins S;Barsnes H;Vaudel M;Perez-Riverol Y;Ternent T;Uszkoreit J;Eisenacher M;Fischer L;Rappsilber J;Netz E;Walzer M;Kohlbacher O;Leitner A;Chalkley RJ;Ghali F;Martínez-Bartolomé S;Deutsch EW;Jones AR
通讯作者：
Jones AR
DOI：
10.1093/bioinformatics/btv250
发表时间：
2015-09-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Perez-Riverol Y;Uszkoreit J;Sanchez A;Ternent T;Del Toro N;Hermjakob H;Vizcaíno JA;Wang R
通讯作者：
Wang R
影响因子：
14.9
作者：
Okuda S;Watanabe Y;Moriya Y;Kawano S;Yamamoto T;Matsumoto M;Takami T;Kobayashi D;Araki N;Yoshizawa AC;Tabata T;Sugiyama N;Goto S;Ishihama Y
通讯作者：
Ishihama Y
影响因子：
14.9
作者：
Deutsch EW;Csordas A;Sun Z;Jarnuczak A;Perez-Riverol Y;Ternent T;Campbell DS;Bernal-Llinares M;Okuda S;Kawano S;Moritz RL;Carver JJ;Wang M;Ishihama Y;Bandeira N;Hermjakob H;Vizcaíno JA
通讯作者：
Vizcaíno JA