Next-generation microbiology: from comparative genomics to gene function.
Next-generation microbiology: from comparative genomics to gene function.
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DOI：
10.1186/s13059-021-02344-9
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发表时间：
2021-04-29
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Sheppard SK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kobras CM;Fenton AK;Sheppard SK
微生物学正处于其120年历史的转折点。广泛的下一代测序揭示了细菌中的遗传复杂性，这是巴斯德、埃舍里奇和科赫等先驱几乎无法想象的。这一数据级联为改善我们对单个细菌细胞和表型变异的遗传基础的理解带来了巨大的潜力。然而，数据科学的这场革命并不能取代现有的微生物学实践，这就提出了如何整合这些新技术的挑战。对比比较基因组学和功能基因组学方法，我们唤起分子微生物学理论和已建立的实践，为下一代微生物学提供一个概念框架和实践路线图。网上版载有补充材料，可在10.1186/s13059-021-02344-9查阅。
Microbiology is at a turning point in its 120-year history. Widespread next-generation sequencing has revealed genetic complexity among bacteria that could hardly have been imagined by pioneers such as Pasteur, Escherich and Koch. This data cascade brings enormous potential to improve our understanding of individual bacterial cells and the genetic basis of phenotype variation. However, this revolution in data science cannot replace established microbiology practices, presenting the challenge of how to integrate these new techniques. Contrasting comparative and functional genomic approaches, we evoke molecular microbiology theory and established practice to present a conceptual framework and practical roadmap for next-generation microbiology. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-021-02344-9.
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影响因子：
6.4
作者：
Duncan, Miles C.;Gillette, Rebecca K.;Camilli, Andrew
通讯作者：
Camilli, Andrew
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4.5
作者：
Chewapreecha C;Marttinen P;Croucher NJ;Salter SJ;Harris SR;Mather AE;Hanage WP;Goldblatt D;Nosten FH;Turner C;Turner P;Bentley SD;Parkhill J
通讯作者：
Parkhill J
影响因子：
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作者：
通讯作者：
--
影响因子：
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作者：
Berthenet E;Yahara K;Thorell K;Pascoe B;Meric G;Mikhail JM;Engstrand L;Enroth H;Burette A;Megraud F;Varon C;Atherton JC;Smith S;Wilkinson TS;Hitchings MD;Falush D;Sheppard SK
通讯作者：
Sheppard SK
影响因子：
9.9
作者：
de Berardinis, Veronique;Vallenet, David;Castelli, Vanina;Besnard, Marielle;Pinet, Agnes;Cruaud, Corinne;Samair, Sumitta;Lechaplais, Christophe;Gyapay, Gabor;Richez, Celine;Durot, Maxime;Kreimeyer, Annett;Le Fevre, Francois;Schaechter, Vincent;Pezo, Valerie;Doering, Volker;Scarpelli, Claude;Medigue, Claudine;Cohen, Georges N.;Marliere, Philippe;Salanoubat, Marcel;Weissenbach, Jean
通讯作者：
Weissenbach, Jean