Complete genome sequence of a distinct calla lily chlorotic spot virus isolated in mainland China
Complete genome sequence of a distinct calla lily chlorotic spot virus isolated in mainland China
复制标题
中国大陆分离的一种独特的马蹄莲褪绿斑病毒的全基因组序列
DOI：
10.1007/s00705-015-2630-9
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发表时间：
2015
影响因子：
2.7
通讯作者：
Liu Ya-ting
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu Ye;Wang Si-bo;Li Yong-zhong;Tao Hong-zheng;Huang Ya-ning;Wu Bao-wei;Dong Yu-mei;Hu John;Liu Ya-ting
采用RT-PCR技术，设计引物，获得了云南丽江马蹄莲褪绿斑病毒（CCSV）的第一个完整基因组序列。 CCSV分离株LJ-1-Yunnan的基因组是三部分的。小 (S) RNA 长度为 3182 个核苷酸 (nt)，编码非结构蛋白（NS，1383 nt）和核衣壳（N，834 nt），由 836 nt 基因间区域 (IGR) 分隔。中等 (M) RNA 长度为 4749 nt，编码非结构运动蛋白（NSm，930 nt）和糖蛋白（GnGc，3,372 nt），也由 349 nt IGR 分隔。大 (L) RNA 长度为 8912 nt，编码预测的 RNA 依赖性 RNA 聚合酶（RdRp，8652 nt）。三个病毒RNA片段的核苷酸序列与已发表的CCSV基因组序列有92-94%相同，编码蛋白质的氨基酸序列有96-98%相同。然而，S 和 M RNA 的 IGR 不太相似，分别有 86% 和 72% 的同一性。基因组序列比较和系统发育分析表明，丽江CCSV分离株是一种独特的拓扑病毒分离株，与其他地理区域的CCSV分离株不同。
The first complete genome sequence of calla lily chlorotic spot virus (CCSV) from Lijiang in northwestern Yunnan Province was obtained using RT-PCR with designed primers. The genome of CCSV isolate LJ-1-Yunnan is tripartite. The small (S) RNA is 3182 nucleotides (nt) in length and encodes a nonstructural protein (NSs, 1383 nt) and a nuclear nucleocapsid (N, 834 nt), separated by an 836-nt intergenic region (IGR). The medium (M) RNA is 4749 nt in length and encodes a nonstructural movement protein (NSm, 930 nt) and a glycoprotein (GnGc, 3,372 nt), also separated by a 349-nt IGR. The large (L) RNA is 8912 nt in length and encodes a predicted RNA-dependent RNA polymerase (RdRp, 8652 nt). The nucleotide sequences of the three viral RNA segments are 92-94 % identical to the published CCSV genome sequence, and the amino acid sequences of the encoded proteins are 96-98 % identical. However, the IGRs of the S and M RNAs are less similar, with 86 and 72 % identity, respectively. Genome sequence comparisons and phylogenetic analysis indicate that the Lijiang CCSV isolate is a unique tospovirus isolate that differs from CCSV isolates in other geographic regions.
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Jordi Cortadella