Optimized amplification of BK polyomavirus in urine.
Optimized amplification of BK polyomavirus in urine.
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DOI：
10.1016/j.jviromet.2021.114319
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发表时间：
2022-01
影响因子：
3.1
通讯作者：
Blackard JT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Odegard EA;Meeds HL;Kleiboeker SB;Ziady A;Sabulski A;Jodele S;Seif AE;Davies SM;Laskin BL;Blackard JT
BK多瘤病毒（BKPyV）是一种普遍存在的病原体，通常导致无症状感染。然而，在免疫功能低下的个体中，BKPyV病毒在尿液中的释放可达到每毫升109拷贝。这些尿液中的高病毒水平为下一代测序提供了理想的样本，以准确确定BKPyV基因型并识别与发病机制相关的突变。获得的测序数据可以进一步分析，以更好地了解和表征BKPyV存在的遗传多样性。本文描述了从尿液中成功提取病毒DNA的方法，以及随后制备下一代测序样品的扩增方法。
BK polyomavirus (BKPyV) is a ubiquitous pathogen that typically results in asymptomatic infection. However, in immunocompromised individuals, BKPyV viral shedding in the urine can reach 109 copies per mL. These high viral levels within urine provide ideal samples for next-generation sequencing to accurately determine BKPyV genotype and identify mutations associated with pathogenesis. Sequencing data obtained can be further analyzed to better understand and characterize the genetic diversity present in BKPyV. Here, methods are described for the successful extraction of viral DNA from urine and the subsequent amplification methods to prepare a sample for next-generation sequencing.
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