Strong contributions from vertical triads to helix-partner preferences in parallel coiled coils.
Strong contributions from vertical triads to helix-partner preferences in parallel coiled coils.
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垂直三元组对平行螺旋线圈中螺旋伙伴的偏好做出了巨大贡献。
DOI：
10.1021/ja3063088
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发表时间：
2012
影响因子：
15
通讯作者：
Gellman,SamuelH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Steinkruger,JayD;Bartlett,GailJ;Woolfson,DerekN;Gellman,SamuelH
异二聚体线圈中的配对偏好是由在螺旋-螺旋界面上相互堆积的侧链之间的互补性决定的。然而，二聚体的稳定性与界面残留同一性之间的关系尚不完全清楚。在“旋钮入孔”（KIH）包装模式的背景下，人们可以识别来自不同螺旋的侧链之间的两类相互作用：“横向”，其中连接相邻侧链的一条线垂直于螺旋轴，以及“垂直”，其中连接线平行于螺旋轴。我们之前分析了反平行线圈中的垂直相互作用，发现一种类型的三元星座（a ' a - a ‘）对配对偏好有很强的影响，而另一种类型的三元星座（d ’ -d-d '）对配对倾向的影响相对较小。在这里，我们询问垂直相互作用（d ' a - d '）是否影响配对非平行线圈二聚体。我们的研究结果表明，垂直相互作用可以对配对特异性产生实质性的影响，而“a - d”三联体的影响取决于局部KIH基序内的横向接触。蛋白质序列的结构生物信息学分析揭示了与实验模型系统得出的热力学数据一致的趋势，表明涉及Leu和Ile的异三联体优于涉及Leu和Ile的同三联体。
Pairing preferences in heterodimeric coiled coils are determined by complementarities among side chains that pack against one another at the helix–helix interface. However, relationships between dimer stability and interfacial residue identity are not fully understood. In the context of the “knobs-into-holes” (KIH) packing pattern, one can identify two classes of interactions between side chains from different helices: “lateral”, in which a line connecting the adjacent side chains is perpendicular to the helix axes, and “vertical”, in which the connecting line is parallel to the helix axes. We have previously analyzed vertical interactions in antiparallel coiled coils and found that one type of triad constellation (a′–a–a′) exerts a strong effect on pairing preferences, while the other type of triad (d′–d–d′) has relatively little impact on pairing tendencies. Here, we ask whether vertical interactions (d′–a–d′) influence pairing inparallelcoiled-coil dimers. Our results indicate that vertical interactions can exert a substantial impact on pairing specificity, and that the influence of thed′–a–d′triad depends on the laterala′contact within the local KIH motif. Structure-informed bioinformatic analyses of protein sequences reveal trends consistent with the thermodynamic data derived from our experimental model system in suggesting that heterotriads involving Leu and Ile are preferred over homotriads involving Leu and Ile.
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d--d--d 垂直三联体比反平行卷曲螺旋二聚体基序中的 a--a--a 垂直三联体具有更少的辨别力。
影响因子：
15
作者：
Steinkruger,JayD;Bartlett,GailJ;Hadley,ErikB;Fay,Lindsay;Woolfson,DerekN;Gellman,SamuelH
通讯作者：
Gellman,SamuelH
影响因子：
2.9
作者：
Acharya, A;Ruvinov, SB;Vinson, C
通讯作者：
Vinson, C
DOI：
10.1101/sqb.1973.037.01.040
发表时间：
1973-01-01
期刊：
COLD SPRING HARBOR SYMPOSIA ON QUANTITATIVE BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
HODGES, RS;SODEK, J;JURASEK, L
通讯作者：
JURASEK, L
平行卷曲螺旋二聚体基序中的侧链配对偏好：对核心和侧翼位点之间离子配对的见解。
影响因子：
15
作者：
Steinkruger,JayD;Woolfson,DerekN;Gellman,SamuelH
通讯作者：
Gellman,SamuelH
影响因子：
5.6
作者：
D. L. McClain;D. G. Gurnon;M. G. Oakley
通讯作者：
D. L. McClain;D. G. Gurnon;M. G. Oakley