Highly Sensitive Detection Method for HV69-70del in SARS-CoV-2 Alpha and Omicron Variants Based on CRISPR/Cas13a.
Highly Sensitive Detection Method for HV69-70del in SARS-CoV-2 Alpha and Omicron Variants Based on CRISPR/Cas13a.
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基于 CRISPR/Cas13a 的 SARS-CoV-2 Alpha 和 Omicron 变种中 HV69-70del 的高灵敏检测方法
DOI：
10.3389/fbioe.2022.831332
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发表时间：
2022
影响因子：
5.7
通讯作者：
Sun, Yansong
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Niu, Mengwei;Han, Yao;Dong, Xue;Yang, Lan;Li, Fan;Zhang, Youcui;Hu, Qiang;Xia, Xueshan;Li, Hao;Sun, Yansong
随着SARS-CoV-2变异体的不断演变，使用适应性诊断工具识别变异体对于遏制持续的COVID-19大流行至关重要。本研究利用基于PCR的CRISPR/Cas 13 a检测系统（PCR-CRISPR），建立了一种高灵敏度、便携式的SARS-CoV-2 α和Omicron变异株HV 69 - 70 del的现场检测方法。使用基于荧光的CRISPR测定筛选靶向HV 69 - 70 del的特异性crRNA（CRISPR RNA），并使用SARS-CoV-2变体和其他病原体的稀释核酸评估该方法的灵敏度和特异性。结果表明，PCR-CRISPR检测方法可检出1 copies/μL SARS-CoV-2 HV 69 - 70 del突变体RNA，混合样本中突变体RNA检出率为0.1%，灵敏度高于基于RT-qPCR的SARS-CoV-2变异体检测试剂盒和桑格测序。与其他10种病原体核酸无交叉反应。此外，通过结合我们先前开发的适用于CRISPR检测的ERASE（Easy-Readout and Sensitive Enhanced）侧向流条带，我们提供了一种新的诊断工具，可以在没有专业和昂贵的荧光检测器的情况下，在资源有限的基层医疗机构中识别SARS-CoV-2变异体。
As SARS-CoV-2 variants continue to evolve, identifying variants with adaptive diagnostic tool is critical to containing the ongoing COVID-19 pandemic. Herein, we establish a highly sensitive and portable on-site detection method for the HV69-70del which exist in SARS-CoV-2 Alpha and Omicron variants using a PCR-based CRISPR/Cas13a detection system (PCR-CRISPR). The specific crRNA (CRISPR RNA) targeting the HV69-70del is screened using the fluorescence-based CRISPR assay, and the sensitivity and specificity of this method are evaluated using diluted nucleic acids of SARS-CoV-2 variants and other pathogens. The results show that the PCR-CRISPR detection method can detect 1 copies/μL SARS-CoV-2 HV69-70del mutant RNA and identify 0.1% of mutant RNA in mixed samples, which is more sensitive than the RT-qPCR based commercial SARS-CoV-2 variants detection kits and sanger sequencing. And it has no cross reactivity with ten other pathogens nucleic acids. Additionally, by combined with our previously developed ERASE (Easy-Readout and Sensitive Enhanced) lateral flow strip suitable for CRISPR detection, we provide a novel diagnosis tool to identify SARS-CoV-2 variants in primary and resource-limited medical institutions without professional and expensive fluorescent detector.
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DOI：
10.1126/science.aav4294
发表时间：
2018-11-16
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Harrington LB;Burstein D;Chen JS;Paez-Espino D;Ma E;Witte IP;Cofsky JC;Kyrpides NC;Banfield JF;Doudna JA
通讯作者：
Doudna JA
影响因子：
64.5
作者：
Li Q;Nie J;Wu J;Zhang L;Ding R;Wang H;Zhang Y;Li T;Liu S;Zhang M;Zhao C;Liu H;Nie L;Qin H;Wang M;Lu Q;Li X;Liu J;Liang H;Shi Y;Shen Y;Xie L;Zhang L;Qu X;Xu W;Huang W;Wang Y
通讯作者：
Wang Y
影响因子：
8.8
作者：
Meng B;Kemp SA;Papa G;Datir R;Ferreira IATM;Marelli S;Harvey WT;Lytras S;Mohamed A;Gallo G;Thakur N;Collier DA;Mlcochova P;COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium;Duncan LM;Carabelli AM;Kenyon JC;Lever AM;De Marco A;Saliba C;Culap K;Cameroni E;Matheson NJ;Piccoli L;Corti D;James LC;Robertson DL;Bailey D;Gupta RK
通讯作者：
Gupta RK
影响因子：
3.7
作者：
Myers FB;Henrikson RH;Bone JM;Lee LP
通讯作者：
Lee LP
DOI：
10.1016/s2213-2600(21)00005-9
发表时间：
2021-03
期刊：
The Lancet. Respiratory medicine
影响因子：
--
作者：
Kirby T
通讯作者：
Kirby T