SpatialDE: identification of spatially variable genes.
SpatialDE: identification of spatially variable genes.
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DOI：
10.1038/nmeth.4636
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发表时间：
2018-05
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Stegle O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Svensson V;Teichmann SA;Stegle O
技术的进步使得以高通量测量空间分辨基因表达成为可能。然而，分析这些数据的方法尚未建立。在这里，我们开发了SpatialDE，这是一种统计测试，用于从多路成像或空间RNA测序数据中识别具有空间表达变异模式的基因。SpatialDE还实现了“自动表达组织学”，这是一种空间基因聚类方法，可以实现基于表达的组织组织学。
Technological advances have made it possible to measure spatially resolved gene expression at high throughput. However, methods to analyze these data are not established. Here, we develop SpatialDE, a statistical test to identify genes with spatial patterns of expression variation from multiplexed imaging or spatial RNA sequencing data. SpatialDE also implements “automatic expression histology”, a spatial gene clustering approach that enables expression-based tissue histology.
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影响因子：
14.9
作者：
Reimand J;Arak T;Adler P;Kolberg L;Reisberg S;Peterson H;Vilo J
通讯作者：
Vilo J
DOI：
10.1073/pnas.1612826113
发表时间：
2016-09-27
影响因子：
11.1
作者：
Moffitt, Jeffrey R.;Hao, Junjie;Zhuang, Xiaowei
通讯作者：
Zhuang, Xiaowei
影响因子：
56.9
作者：
Stahl, Patrik L.;Salmen, Fredrik;Frisen, Jonas
通讯作者：
Frisen, Jonas
影响因子：
1.7
作者：
Stegle, Oliver;Denby, Katherine J.;Borgwardt, Karsten M.
通讯作者：
Borgwardt, Karsten M.
影响因子：
64.8
作者：
Takamori, S;Rhee, JS;Jahn, R
通讯作者：
Jahn, R