The porcine translational research database: a manually curated, genomics and proteomics-based research resource.
The porcine translational research database: a manually curated, genomics and proteomics-based research resource.
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猪翻译研究数据库：基于手动的，基因组学和基于蛋白质组学的研究资源。
DOI：
10.1186/s12864-017-4009-7
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发表时间：
2017-08-22
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Urban JF Jr
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dawson HD;Chen C;Gaynor B;Shao J;Urban JF Jr
在过去十年中，猪在生物医学研究中的使用急剧增加。已经开发了多种基因组和蛋白质组数据库，以促进使用人类和啮齿动物模型的研究。然而，当前的猪基因数据库缺乏对研究与人类研究相关的猪模型以及与啮齿动物模型进行比较评估的有力注释。此外，由于它们主要依赖基于机器的注释，其中包含大量错误。为了解决这些不足，进行了一项基于文献的全面调查，以确定某些在人类、小鼠或猪中已证明有功能的选定基因。
该过程通过搜索多个猪基因信息的在线来源，确定了13054个候选的人类、牛、小鼠或大鼠基因/蛋白质，用于选择潜在的猪同源基因。猪转化研究数据库（http://www.ars.usda.gov/Services/docs.htm?docid = 6065）中的数据有超过5800篇参考文献支持，每个条目包含65个数据字段，包括超过9700条全长（5′和3′）明确的猪序列、超过2400个实时PCR检测以及超过1700种抗体的反应性信息。它还包含超过2200个基因的基因和/或蛋白质表达数据，并为5337个猪基因识别和纠正了8187个错误（基因重复假象、错误组装、错误注释和错误的物种归属）。
这个数据库是针对任何单一兽医物种的最大的人工管理数据库，并且在将基因表达与基因功能联系起来、识别相关基因途径以及将数据与其他猪基因数据库连接方面，在猪基因数据库中是独一无二的。这个数据库首次对三个主要的超家族或功能相关的蛋白质组（分化簇（CD）标记基因、溶质载体超家族、ATP结合盒式超家族）进行了全面描述，并对猪微小RNA进行了比较描述。
本文的在线版本（doi:10.1186/s12864 - 017 - 4009 - 7）包含补充材料，授权用户可以获取。
The use of swine in biomedical research has increased dramatically in the last decade. Diverse genomic- and proteomic databases have been developed to facilitate research using human and rodent models. Current porcine gene databases, however, lack the robust annotation to study pig models that are relevant to human studies and for comparative evaluation with rodent models. Furthermore, they contain a significant number of errors due to their primary reliance on machine-based annotation. To address these deficiencies, a comprehensive literature-based survey was conducted to identify certain selected genes that have demonstrated function in humans, mice or pigs. The process identified 13,054 candidate human, bovine, mouse or rat genes/proteins used to select potential porcine homologs by searching multiple online sources of porcine gene information. The data in the Porcine Translational Research Database ((http://www.ars.usda.gov/Services/docs.htm?docid=6065) is supported by >5800 references, and contains 65 data fields for each entry, including >9700 full length (5′ and 3′) unambiguous pig sequences, >2400 real time PCR assays and reactivity information on >1700 antibodies. It also contains gene and/or protein expression data for >2200 genes and identifies and corrects 8187 errors (gene duplications artifacts, mis-assemblies, mis-annotations, and incorrect species assignments) for 5337 porcine genes. This database is the largest manually curated database for any single veterinary species and is unique among porcine gene databases in regard to linking gene expression to gene function, identifying related gene pathways, and connecting data with other porcine gene databases. This database provides the first comprehensive description of three major Super-families or functionally related groups of proteins (Cluster of Differentiation (CD) Marker genes, Solute Carrier Superfamily, ATP binding Cassette Superfamily), and a comparative description of porcine microRNAs. The online version of this article (doi:10.1186/s12864-017-4009-7) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
14.9
作者：
Howe KL;Bolt BJ;Cain S;Chan J;Chen WJ;Davis P;Done J;Down T;Gao S;Grove C;Harris TW;Kishore R;Lee R;Lomax J;Li Y;Muller HM;Nakamura C;Nuin P;Paulini M;Raciti D;Schindelman G;Stanley E;Tuli MA;Van Auken K;Wang D;Wang X;Williams G;Wright A;Yook K;Berriman M;Kersey P;Schedl T;Stein L;Sternberg PW
通讯作者：
Sternberg PW
影响因子：
5.4
作者：
Freeman TC;Ivens A;Baillie JK;Beraldi D;Barnett MW;Dorward D;Downing A;Fairbairn L;Kapetanovic R;Raza S;Tomoiu A;Alberio R;Wu C;Su AI;Summers KM;Tuggle CK;Archibald AL;Hume DA
通讯作者：
Hume DA
影响因子：
9.8
作者：
Church DM;Goodstadt L;Hillier LW;Zody MC;Goldstein S;She X;Bult CJ;Agarwala R;Cherry JL;DiCuccio M;Hlavina W;Kapustin Y;Meric P;Maglott D;Birtle Z;Marques AC;Graves T;Zhou S;Teague B;Potamousis K;Churas C;Place M;Herschleb J;Runnheim R;Forrest D;Amos-Landgraf J;Schwartz DC;Cheng Z;Lindblad-Toh K;Eichler EE;Ponting CP;Mouse Genome Sequencing Consortium
通讯作者：
Mouse Genome Sequencing Consortium
DOI：
10.4049/jimmunol.181.5.2953
发表时间：
2008-09-01
期刊：
Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
影响因子：
--
作者：
Jacobson AC;Weis JH
通讯作者：
Weis JH
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--