Evolutionary History of Endogenous Human Herpesvirus 6 Reflects Human Migration out of Africa.
Evolutionary History of Endogenous Human Herpesvirus 6 Reflects Human Migration out of Africa.
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DOI：
10.1093/molbev/msaa190
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发表时间：
2021-01-04
影响因子：
10.7
通讯作者：
Kaufer BB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Aswad A;Aimola G;Wight D;Roychoudhury P;Zimmermann C;Hill J;Lassner D;Xie H;Huang ML;Parrish NF;Schultheiss HP;Venturini C;Lager S;Smith GCS;Charnock-Jones DS;Breuer J;Greninger AL;Kaufer BB
人类疱疹病毒6A和6 B（HHV-6）可以整合到生殖细胞中，因此，大约有7000万人在他们身体的每个细胞中携带这些病毒的基因组。到目前为止，很大程度上还不清楚1）这些整合是否是古老的，2）它们是否仍然发生，3）循环病毒株是否与整合的病毒株不同。在这里，我们使用下一代测序和挖掘公共人类基因组数据集，以生成迄今为止研究的最大和最多样化的循环和整合HHV-6基因组集合。在地理上分散的基因组中，只有远亲的人，我们确定了起源于一个单一的祖先事件的整合病毒的分支，证实了这一点与荧光原位杂交直接观察整合位点。与HHV-6 B相反，循环和整合的HHV-6A序列形成不同的进化枝，反对循环HHV-6A的持续整合或整合的HHV-6A的“再活化”。总之，我们的研究提供了HHV-6进化的第一个全面的图片，并揭示了可遗传的HHV-6的整合已经发生，如果不是在人类迁移出非洲之前。
Human herpesvirus 6A and 6B (HHV-6) can integrate into the germline, and as a result, ∼70 million people harbor the genome of one of these viruses in every cell of their body. Until now, it has been largely unknown if 1) these integrations are ancient, 2) if they still occur, and 3) whether circulating virus strains differ from integrated ones. Here, we used next-generation sequencing and mining of public human genome data sets to generate the largest and most diverse collection of circulating and integrated HHV-6 genomes studied to date. In genomes of geographically dispersed, only distantly related people, we identified clades of integrated viruses that originated from a single ancestral event, confirming this with fluorescent in situ hybridization to directly observe the integration locus. In contrast to HHV-6B, circulating and integrated HHV-6A sequences form distinct clades, arguing against ongoing integration of circulating HHV-6A or “reactivation” of integrated HHV-6A. Taken together, our study provides the first comprehensive picture of the evolution of HHV-6, and reveals that integration of heritable HHV-6 has occurred since the time of, if not before, human migrations out of Africa.
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影响因子：
5.9
作者：
Hayward A
通讯作者：
Hayward A
DOI：
10.1128/genomea.00012-13
发表时间：
2013-05-01
期刊：
GENOME ANNOUNCEMENTS
影响因子：
--
作者：
Gravel, Annie;Ablashi, Dharam;Flamand, Louis
通讯作者：
Flamand, Louis
影响因子：
5.9
作者：
Kaufer, Benedikt B.;Flamand, Louis
通讯作者：
Flamand, Louis
影响因子：
3.8
作者：
Gaccioli F;Lager S;Sovio U;Charnock-Jones DS;Smith GC
通讯作者：
Smith GC
影响因子：
4.5
作者：
Aswad, Amr;Katzourakis, Aris
通讯作者：
Katzourakis, Aris