MatrixDB: integration of new data with a focus on glycosaminoglycan interactions.
MatrixDB: integration of new data with a focus on glycosaminoglycan interactions.
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DOI：
10.1093/nar/gky1035
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发表时间：
2019-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Ricard-Blum S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Clerc O;Deniaud M;Vallet SD;Naba A;Rivet A;Perez S;Thierry-Mieg N;Ricard-Blum S
MatrixDB（http：//matrixdb.univ-lyon1.fr/）是一个相互作用数据库，专注于由细胞外基质（ECM）蛋白和糖胺聚糖（GAG）建立的生物分子相互作用。它是国际分子交换（IMEx）联盟（https：//www.imexconsortium.org/）的活跃成员。它采用了HUPO蛋白质组学标准倡议标准，用于注释和交换相互作用数据，无论是在MIMIX（关于分子相互作用实验的最小信息）还是IMEx水平。在MatrixDB的更新版本中添加了以下与GAG相关的项目：（i）GAG序列与GlyTouCan数据库的交叉引用，（ii）以不同格式（IUPAC和GlycoCT）和SNFG（聚糖符号命名）图像表示GAG序列，以及（iii）GAG Builder在线工具，用于从GlycoCT代码构建GAG序列的3D模型。数据库模式已得到改进，以表示n元的实验。还添加了从Expression Atlas（https：//www.ebi.ac.uk/gxa/home）导入的基因表达数据、定量ECM蛋白质组学数据集（http：//matrisomeproject.mit.edu/ecm-atlas）以及基于PDB组件库和LiteMol的生物分子3D结构的新可视化工具。一个新的高级查询界面现在允许用户使用标准的组合来挖掘MatrixDB数据，以建立与疾病，生物过程，分子功能或出版物相关的特定交互网络。
MatrixDB (http://matrixdb.univ-lyon1.fr/) is an interaction database focused on biomolecular interactions established by extracellular matrix (ECM) proteins and glycosaminoglycans (GAGs). It is an active member of the International Molecular Exchange (IMEx) consortium (https://www.imexconsortium.org/). It has adopted the HUPO Proteomics Standards Initiative standards for annotating and exchanging interaction data, either at the MIMIx (The Minimum Information about a Molecular Interaction eXperiment) or IMEx level. The following items related to GAGs have been added in the updated version of MatrixDB: (i) cross-references of GAG sequences to the GlyTouCan database, (ii) representation of GAG sequences in different formats (IUPAC and GlycoCT) and as SNFG (Symbol Nomenclature For Glycans) images and (iii) the GAG Builder online tool to build 3D models of GAG sequences from GlycoCT codes. The database schema has been improved to represent n-ary experiments. Gene expression data, imported from Expression Atlas (https://www.ebi.ac.uk/gxa/home), quantitative ECM proteomic datasets (http://matrisomeproject.mit.edu/ecm-atlas), and a new visualization tool of the 3D structures of biomolecules, based on the PDB Component Library and LiteMol, have also been added. A new advanced query interface now allows users to mine MatrixDB data using combinations of criteria, in order to build specific interaction networks related to diseases, biological processes, molecular functions or publications.
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影响因子：
6.9
作者：
Ricard-Blum, Sylvie;Vallet, Sylvain D.
通讯作者：
Vallet, Sylvain D.
影响因子：
6.9
作者：
Peysselon, Franck;Ricard-Blum, Sylvie
通讯作者：
Ricard-Blum, Sylvie
影响因子：
4.3
作者：
Clerc, Olivier;Mariethoz, Julien;Ricard-Blum, Sylvie
通讯作者：
Ricard-Blum, Sylvie
DOI：
10.1074/mcp.m111.014647
发表时间：
2012-04
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Naba A;Clauser KR;Hoersch S;Liu H;Carr SA;Hynes RO
通讯作者：
Hynes RO
影响因子：
14.9
作者：
Orchard S;Ammari M;Aranda B;Breuza L;Briganti L;Broackes-Carter F;Campbell NH;Chavali G;Chen C;del-Toro N;Duesbury M;Dumousseau M;Galeota E;Hinz U;Iannuccelli M;Jagannathan S;Jimenez R;Khadake J;Lagreid A;Licata L;Lovering RC;Meldal B;Melidoni AN;Milagros M;Peluso D;Perfetto L;Porras P;Raghunath A;Ricard-Blum S;Roechert B;Stutz A;Tognolli M;van Roey K;Cesareni G;Hermjakob H
通讯作者：
Hermjakob H