FlyExpress 7: An Integrated Discovery Platform To Study Coexpressed Genes Using in Situ Hybridization Images in Drosophila.
FlyExpress 7: An Integrated Discovery Platform To Study Coexpressed Genes Using in Situ Hybridization Images in Drosophila.
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DOI：
10.1534/g3.117.040345
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发表时间：
2017-08-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kulathinal RJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kumar S;Konikoff C;Sanderford M;Liu L;Newfeld S;Ye J;Kulathinal RJ
在整个发育过程中分析的基因表达模式可以提供有关基因功能和调控作用的关键线索。果蝇是此类研究的理想选择，因为多个个体和高通量的努力已经以原位图像的形式捕获了数千个胚胎表达基因的时空模式。 FlyExpress (www.flyexpress.net) 是一个基于大规模且独特的标准化图像数字库和一个用于查找共表达基因的简单搜索引擎的知识库，旨在促进对这些模式的分析和可视化挖掘。在这里，我们介绍下一代 FlyExpress 资源，以方便对序列数据和图像表达的时空模式进行综合分析。 FlyExpress 7 现在包含超过 100,000 个标准化原位图像，并实施更高效的用户定义搜索算法，以通过全基因组表达图谱 (GEM) 识别共表达基因。在任何一对共表达基因的上游 5' 区域中发现的共享基序可以在交互式点图中可视化。还提供了额外的网络工具和链接输出，以协助候选主题的下游验证。 FlyExpress 7 代表了我们迄今为止通过开发和传播新的网络工具来加速发现的最大努力，这些网络工具允许研究人员对共表达（图像）和基因组（序列）数据进行数据驱动的分析。
Gene expression patterns assayed across development can offer key clues about a gene’s function and regulatory role. Drosophila melanogaster is ideal for such investigations as multiple individual and high-throughput efforts have captured the spatiotemporal patterns of thousands of embryonic expressed genes in the form of in situ images. FlyExpress (www.flyexpress.net), a knowledgebase based on a massive and unique digital library of standardized images and a simple search engine to find coexpressed genes, was created to facilitate the analytical and visual mining of these patterns. Here, we introduce the next generation of FlyExpress resources to facilitate the integrative analysis of sequence data and spatiotemporal patterns of expression from images. FlyExpress 7 now includes over 100,000 standardized in situ images and implements a more efficient, user-defined search algorithm to identify coexpressed genes via Genomewide Expression Maps (GEMs). Shared motifs found in the upstream 5′ regions of any pair of coexpressed genes can be visualized in an interactive dotplot. Additional webtools and link-outs to assist in the downstream validation of candidate motifs are also provided. Together, FlyExpress 7 represents our largest effort yet to accelerate discovery via the development and dispersal of new webtools that allow researchers to perform data-driven analyses of coexpression (image) and genomic (sequence) data.
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