syntenyPlotteR: a user-friendly R package to visualize genome synteny, ideal for both experienced and novice bioinformaticians.
syntenyPlotteR: a user-friendly R package to visualize genome synteny, ideal for both experienced and novice bioinformaticians.
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DOI：
10.1093/bioadv/vbad161
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
染色体规模基因组组合数量的快速增加重新引起了人们对染色体进化研究的兴趣。基因组间同线关系的可视化是研究染色体重排和进化的关键的初始步骤。可用于此目的的工具很少，而且它们可能很难学习。此外，这些工具在可以可视化的物种比较的数量和识别的染色体重排的大小方面受到限制。因此，迫切需要开发新的可视化工具。在这里，我们介绍了syntenyPlotteR，这是一个R包，开发用于以成对或多物种的方式可视化同源序列块。这个包包含三个功能，允许用户轻松、快速地生成感兴趣基因组之间的共线关系的出版质量表示。可以使用https://farre-lab.github.io/syntenyPlotteR/.中的文档从CRAN安装SyntenyPlotteR
The rapid increase in the number of chromosome-scale genome assemblies has renewed interest in chromosome evolution studies. The visualization of syntenic relationships between genomes is a crucial initial step in the study of chromosome rearrangements and evolution. There are few tools available that serve this purpose, and they can be difficult to learn. Moreover, these tools are limited in the number of species comparisons that can be visualized and the size of chromosome rearrangements identified. Thus, the development of novel visualization tools is in strong need. Here, we present syntenyPlotteR, an R package developed to visualize homologous synteny blocks in a pairwise or multispecies manner. This package contains three functions that allow users to generate publication-quality representations of syntenic relationships easily and quickly between genomes of interest. SyntenyPlotteR can be installed from CRAN with the documentation found in https://farre-lab.github.io/syntenyPlotteR/.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx346
发表时间：
2017-10-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Gel B;Serra E
通讯作者：
Serra E
影响因子：
64.8
作者：
Rhie A;McCarthy SA;Fedrigo O;Damas J;Formenti G;Koren S;Uliano-Silva M;Chow W;Fungtammasan A;Kim J;Lee C;Ko BJ;Chaisson M;Gedman GL;Cantin LJ;Thibaud-Nissen F;Haggerty L;Bista I;Smith M;Haase B;Mountcastle J;Winkler S;Paez S;Howard J;Vernes SC;Lama TM;Grutzner F;Warren WC;Balakrishnan CN;Burt D;George JM;Biegler MT;Iorns D;Digby A;Eason D;Robertson B;Edwards T;Wilkinson M;Turner G;Meyer A;Kautt AF;Franchini P;Detrich HW 3rd;Svardal H;Wagner M;Naylor GJP;Pippel M;Malinsky M;Mooney M;Simbirsky M;Hannigan BT;Pesout T;Houck M;Misuraca A;Kingan SB;Hall R;Kronenberg Z;Sović I;Dunn C;Ning Z;Hastie A;Lee J;Selvaraj S;Green RE;Putnam NH;Gut I;Ghurye J;Garrison E;Sims Y;Collins J;Pelan S;Torrance J;Tracey A;Wood J;Dagnew RE;Guan D;London SE;Clayton DF;Mello CV;Friedrich SR;Lovell PV;Osipova E;Al-Ajli FO;Secomandi S;Kim H;Theofanopoulou C;Hiller M;Zhou Y;Harris RS;Makova KD;Medvedev P;Hoffman J;Masterson P;Clark K;Martin F;Howe K;Flicek P;Walenz BP;Kwak W;Clawson H;Diekhans M;Nassar L;Paten B;Kraus RHS;Crawford AJ;Gilbert MTP;Zhang G;Venkatesh B;Murphy RW;Koepfli KP;Shapiro B;Johnson WE;Di Palma F;Marques-Bonet T;Teeling EC;Warnow T;Graves JM;Ryder OA;Haussler D;O'Brien SJ;Korlach J;Lewin HA;Howe K;Myers EW;Durbin R;Phillippy AM;Jarvis ED
通讯作者：
Jarvis ED
DOI：
10.7717/peerj-cs.251
发表时间：
2020
期刊：
PeerJ. Computer science
影响因子：
--
作者：
Hao Z;Lv D;Ge Y;Shi J;Weijers D;Yu G;Chen J
通讯作者：
Chen J
影响因子：
7
作者：
Farre, Marta;Kim, Jaebum;Larkin, Denis M.
通讯作者：
Larkin, Denis M.
DOI：
10.1146/annurev-animal-020518-114924
发表时间：
2021-01-01
期刊：
ANNUAL REVIEW OF ANIMAL BIOSCIENCES, VOL 9, 2021
影响因子：
--
作者：
Damas, Joana;Corbo, Marco;Lewin, Harris A.
通讯作者：
Lewin, Harris A.