The 5'-end sequence of the murine coronavirus genome: implications for multiple fusion sites in leader-primed transcription.
The 5'-end sequence of the murine coronavirus genome: implications for multiple fusion sites in leader-primed transcription.
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DOI：
10.1016/0042-6822(87)90412-0
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发表时间：
1987-03
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Lai MM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shieh CK;Soe LH;Makino S;Chang MF;Stohlman SA;Lai MM
冠状病毒引导者-引导型转录模型认为，来自基因组RNA 5‘端的自由引导者RNA物种被用作亚基因组mRNAs转录的引物。为了阐明先导启动的确切机制，我们克隆并测定了小鼠肝炎病毒基因组RNA的5‘端序列。5‘端序列与亚基因组mRNAs 5’端的前导序列相同。两种可能的发夹环结构和前导序列3‘端周围的富含AU的区域可能为前导RNA合成提供终止位点。5‘端基因组序列和基因间转录起始点的比较表明，在推测的头部/体部连接处存在7-18个核苷酸的同源区。一些基因间区在这个同源区域内含有不匹配的核苷酸。我们认为，由于这种同源性，自由引导者RNA结合到基因间隔区，并在作为引物之前在不匹配的核苷酸上被切割。因此，自由前导RNA物种可能比亚基因组mRNAs中的前导序列更长，并且不同的mRNAs可能具有不同的前导/主体连接位置。
The coronavirus leader-primed transcription model proposes that free leader RNA species derived from the 5′-end of the genomic RNA are utilized as a primer for the transcription of subgenomic mRNAs. To elucidate the precise mechanism of leader-priming, we cloned and sequenced the 5′-end of the mouse hepatitis virus genomic RNA. The 5′-terminal sequences are identical to the leader sequences present at the 5′-end of the subgenomic mRNAs. Two possible hairpin loop structures and an AU-rich region around the 3′-end of the leader sequence may provide the termination site for leader RNA synthesis. The comparison of 5′-end genomic sequences and the intergenic start sites for mRNA transcription revealed that there are homologous regions of 7–18 nucleotides at the putative leader/body junction sites. Some intergenic regions contain a mismatching nucleotide within this homologous region. We propose that free leader RNA binds to the intergenic region due to this homology and is cleaved at the mismatching nucleotide before serving as a primer. Thus, the free leader RNA species may be longer than the leader sequences in the subgenomic mRNAs and different mRNAs may have different leader/body junction sites.
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作者：
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DOI：
10.1073/pnas.74.11.4835
发表时间：
1977-01-01
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