A 3D transcriptomics atlas of the mouse nose sheds light on the anatomical logic of smell.
A 3D transcriptomics atlas of the mouse nose sheds light on the anatomical logic of smell.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2022.110547
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发表时间：
2022-03-22
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Saraiva LR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ruiz Tejada Segura ML;Abou Moussa E;Garabello E;Nakahara TS;Makhlouf M;Mathew LS;Wang L;Valle F;Huang SSY;Mainland JD;Caselle M;Osella M;Lorenz S;Reisert J;Logan DW;Malnic B;Scialdone A;Saraiva LR
嗅觉帮助我们在环境中导航，但它的分子结构和潜在的逻辑仍然没有得到充分的研究。气味受体基因（Olfrs）在鼻子中的空间位置被认为与它们检测到的气味物质的结构多样性无关。使用空间转录组学，我们创建了小鼠嗅粘膜（OM）的全基因组3D图谱。在空间差异表达的基因的地形图显示，Olfrs和非Olfrs分布在一个连续和重叠的方式超过至少五个广泛的区域在OM。Olfrs的空间位置与它们识别的气味物质的粘液溶解度相关，为嗅觉的色谱理论提供了直接证据。该资源解决了小鼠OM的分子结构，并将为未来关于Olfr基因选择，轴突寻路，神经系统模式化以及嗅觉外周表达的基本逻辑的机制研究提供信息。Ruiz Tejada塞古拉等人采用空间转录组学方法创建小鼠鼻子基因表达的3D图谱，并将其与单细胞RNA-seq，机器学习和化学信息学相结合，以解析其分子结构并揭示嗅觉的解剖逻辑。
The sense of smell helps us navigate the environment, but its molecular architecture and underlying logic remain understudied. The spatial location of odorant receptor genes (Olfrs) in the nose is thought to be independent of the structural diversity of the odorants they detect. Using spatial transcriptomics, we create a genome-wide 3D atlas of the mouse olfactory mucosa (OM). Topographic maps of genes differentially expressed in space reveal that both Olfrs and non-Olfrs are distributed in a continuous and overlapping fashion over at least five broad zones in the OM. The spatial locations of Olfrs correlate with the mucus solubility of the odorants they recognize, providing direct evidence for the chromatographic theory of olfaction. This resource resolves the molecular architecture of the mouse OM and will inform future studies on mechanisms underlying Olfr gene choice, axonal pathfinding, patterning of the nervous system, and basic logic for the peripheral representation of smell. Ruiz Tejada Segura et al. employ a spatial transcriptomics approach to create a 3D map of gene expression of the mouse nose and combine it with single-cell RNA-seq, machine learning, and chemoinformatics to resolve its molecular architecture and shed light into the anatomical logic of smell.
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影响因子：
46.9
作者：
Becht, Etienne;McInnes, Leland;Newell, Evan W.
通讯作者：
Newell, Evan W.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
13.6
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.5
作者：
Asp, Michaela;Giacomello, Stefania;Lundeberg, Joakim
通讯作者：
Lundeberg, Joakim
影响因子：
5.5
作者：
Araneda, RC;Peterlin, Z;Firestein, S
通讯作者：
Firestein, S