Plastomes of two Rehmannia species： comparative genomic and phylogenetic analyses.
Plastomes of two Rehmannia species： comparative genomic and phylogenetic analyses.
复制标题
两种地黄物种的质体：比较基因组和系统发育分析
DOI：
10.1080/23802359.2021.1878953
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发表时间：
2021-03-11
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sun J;Sun M;Wang D;Xu K;Hu R;Zhang Y
地黄内的系统发育关系尚未得到很好的解决。在这里，我们通过从头组装组装并报道了 R. glutinosa 和 R. chingii 的两个新的完整质体。 R. glutinosa 和 R. chingii 的完整质体长度分别为 153,797 和 153,328bp。这两个质体具有98.8%的序列同一性，共有401个SNP、137个插入缺失和6个倒位。它们在GC含量（43.1%）、基因顺序和基因内容（133个基因）方面高度保守，其中包括88个蛋白编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。系统发育分析证实了地黄亚科的单系性，并支持了地黄为地黄的基础分类群。
Phylogenetic relationships within Rehmannia have not been well solved. Here, we assembled and reported two new complete plastomes of R. glutinosa and R. chingii by de novo assembly. The complete plastomes of R. glutinosa and R. chingii were 153,797 and 153,328 bp in length, respectively. These two plastomes had 98.8% sequence identity and a total of 401 SNPs, 137 indels and 6 inversions. They were highly conserved in GC content (43.1%), gene order, and gene content (133 genes), including 88 protein-coding genes, 37 tRNA genes, and 8 rRNA genes. The phylogenomic analysis confirmed the monophyly of Rehmannieae and supported R. chingii as the basal taxon of Rehmannia.
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DOI：
10.1080/23802359.2019.1573125
发表时间：
2019-07-12
期刊：
Mitochondrial DNA. Part B, Resources
影响因子：
--
作者：
Zhang Y;Lee J;Liu X;Sun Z
通讯作者：
Sun Z