Illuminating chromatin compaction in live cells and fixed tissues using SiR-DNA fluorescence lifetime
Illuminating chromatin compaction in live cells and fixed tissues using SiR-DNA fluorescence lifetime
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使用 SiR-DNA 荧光寿命照亮活细胞和固定组织中的染色质压缩
DOI：
10.1101/2020.05.02.073536
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hockings C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hockings C
核中染色质的整体致密状态是细胞身份的重要组成部分，但一直难以测量。我们已经开发了一种定量方法来测量染色质压实状态在活细胞和固定的细胞，而不需要遗传修饰，使用SiR-DNA染料的荧光寿命。在使用经处理以诱导染色质致密化或去致密化的肝癌细胞系优化该方法后，我们观察到固定组织切片中分化上皮细胞中的染色质致密化，以及可能代表转录工厂的局部去致密化灶。此外，我们揭示了胚胎干细胞从幼稚多能状态转变过程中染色质解压缩的新情况。这种方法将有助于核结构的研究，并可能是容易的，廉价的，和容易足够作为一个一般的分析“干”。
The global compaction state of chromatin in a nucleus is an important component of cell identity that has been difficult to measure. We have developed a quantitative method to measure the chromatin compaction state in both live and fixed cells, without the need for genetic modification, using the fluorescence lifetime of SiR-DNA dye. After optimising this method using live cancer cell lines treated to induce chromatin compaction or decompaction, we observed chromatin compaction in differentiating epithelial cells in fixed tissue sections, as well as local decompaction foci that may represent transcription factories. In addition, we shed new light on chromatin decompaction during embryonic stem cell transition out of their naïve pluripotent state. This method will be useful to studies of nuclear architecture, and may be easy, cheap, and accessible enough to serve as a general assay of ‘stem-ness’.
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Smith, Austin
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--
作者：
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Zaret KS
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DOI：
--
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