Manipulation of FASTQ data with Galaxy.
Manipulation of FASTQ data with Galaxy.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq281
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发表时间：
2010-07-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Galaxy Team
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Blankenberg D;Gordon A;Von Kuster G;Coraor N;Taylor J;Nekrutenko A;Galaxy Team
摘要：在这里，我们描述了一个工具套件，它可以在所有众所周知的 FASTQ 格式变体上运行，并提供一个管道，用于通过质量过滤步骤来操作从测序机获取的下一代测序数据。可用性和实现：这个开源工具集是用Python实现的，并已集成到在线数据分析平台Galaxy中（公共网络访问：http://usegalaxy.org；下载：http://getgalaxy.org）。两部短片强调了本手稿中描述的工具的功能，以及针对一组先前发布的文件测试该工具套件的组件的结果，请访问 http://usegalaxy.org/u/dan/p/fastq 联系方式：james.taylor@emory.edu； anton@bx.psu.edu 补充信息：补充数据可在生物信息学在线获取。
Summary: Here, we describe a tool suite that functions on all of the commonly known FASTQ format variants and provides a pipeline for manipulating next generation sequencing data taken from a sequencing machine all the way through the quality filtering steps. Availability and Implementation: This open-source toolset was implemented in Python and has been integrated into the online data analysis platform Galaxy (public web access: http://usegalaxy.org; download: http://getgalaxy.org). Two short movies that highlight the functionality of tools described in this manuscript as well as results from testing components of this tool suite against a set of previously published files are available at http://usegalaxy.org/u/dan/p/fastq Contact: james.taylor@emory.edu; anton@bx.psu.edu Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
14.9
作者：
Cock PJ;Fields CJ;Goto N;Heuer ML;Rice PM
通讯作者：
Rice PM
Galaxy：一种基于Web的基因组分析工具。
影响因子：
--
作者：
Blankenberg, Daniel;Von Kuster, Gregory;Coraor, Nathaniel;Ananda, Guruprasad;Lazarus, Ross;Mangan, Mary;Nekrutenko, Anton;Taylor, James
通讯作者：
Taylor, James
影响因子：
7
作者：
Blankenberg, Daniel;Taylor, James;Nekrutenko, Anton
通讯作者：
Nekrutenko, Anton
影响因子：
--
作者：
Taylor, James;Schenck, Ian;Nekrutenko, Anton
通讯作者：
Nekrutenko, Anton