OPTIC: orthologous and paralogous transcripts in clades.
OPTIC: orthologous and paralogous transcripts in clades.
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DOI：
10.1093/nar/gkm852
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Ponting CP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Heger A;Ponting CP
大量后生动物的基因组序列现已为人所知。随着多个紧密相关的基因组被测序，以前只关注成对基因组的比较研究现在可以扩展到整个支系。直系和类同源转录数据库(光学)目前提供了三个支系的一组基因预测和矫形分配：(I)羊栖类，包括人、狗、小鼠、负鼠、鸭嘴兽和鸡(17443个同源组)；(Ii)一个由12个物种(12889个同源组)组成的果蝇支系；(Iii)一个由四个物种(13626个同源组)组成的线虫支系。基因预测、多重比对和系统发育树可从http://genserv.anat.ox.ac.uk/clades.免费浏览和下载未来还将增加更多的基因组和分支。
The genome sequences of a large number of metazoan species are now known. As multiple closely related genomes are sequenced, comparative studies that previously focussed on only pairs of genomes can now be extended over whole clades. The orthologous and paralogous transcripts in clades (OPTIC) database currently provides sets of gene predictions and orthology assignments for three clades: (i) amniotes, including human, dog, mouse, opossum, platypus and chicken (17 443 orthologous groups); (ii) a Drosophila clade of 12 species (12 889 orthologous groups) and (iii) a nematode clade of four species (13 626 orthologous groups). Gene predictions, multiple alignments and phylogenetic trees are freely available to browse and download from http://genserv.anat.ox.ac.uk/clades. Further genomes and clades will be added in the future.
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