A comprehensive spectral assay library to quantify the Escherichia coli proteome by DIA/SWATH-MS.
A comprehensive spectral assay library to quantify the Escherichia coli proteome by DIA/SWATH-MS.
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DOI：
10.1038/s41597-020-00724-7
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发表时间：
2020-11-12
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Moritz RL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Midha MK;Kusebauch U;Shteynberg D;Kapil C;Bader SL;Reddy PJ;Campbell DS;Baliga NS;Moritz RL
数据独立采集（DIA）是一种通过质谱（MS）提高肽和蛋白质一致性鉴定和精确定量的方法。DIA中的目标数据分析策略依赖于光谱测定库，这些光谱测定库通常来源于对每个物种的肽的先验测量。虽然大肠杆菌（E.大肠杆菌）是研究得最好的模式生物之一，迄今为止还没有公开的该细菌的光谱测定文库。在这里，我们为4，389个注释的E.大肠杆菌蛋白质使用一维和二维分级样品，和离子迁移率分离，使深蛋白质组覆盖。我们证明了这个高质量的图书馆的实用性与鲁棒性定量的E。大肠杆菌蛋白质组和快速色谱，以提高通过靶向DIA-MS的通量。光谱分析库支持检测和定量的91.5%的所有E。大肠杆菌蛋白质的高置信度与56，182蛋白质型肽，使其成为科学界的宝贵资源。数据和光谱库可通过ProteomeXchange（PXD 020761，PXD 020785）和SWATHAtlas（SAL 00222 -28）获得。描述报告数据的机器可访问元数据文件：10.6084/m9.figshare.13078733
Data-Independent Acquisition (DIA) is a method to improve consistent identification and precise quantitation of peptides and proteins by mass spectrometry (MS). The targeted data analysis strategy in DIA relies on spectral assay libraries that are generally derived from a priori measurements of peptides for each species. Although Escherichia coli (E. coli) is among the best studied model organisms, so far there is no spectral assay library for the bacterium publicly available. Here, we generated a spectral assay library for 4,014 of the 4,389 annotated E. coli proteins using one- and two-dimensional fractionated samples, and ion mobility separation enabling deep proteome coverage. We demonstrate the utility of this high-quality library with robustness in quantitation of the E. coli proteome and with rapid-chromatography to enhance throughput by targeted DIA-MS. The spectral assay library supports the detection and quantification of 91.5% of all E. coli proteins at high-confidence with 56,182 proteotypic peptides, making it a valuable resource for the scientific community. Data and spectral libraries are available via ProteomeXchange (PXD020761, PXD020785) and SWATHAtlas (SAL00222-28). Machine-accessible metadata file describing the reported data: 10.6084/m9.figshare.13078733
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通讯作者：
Moritz RL