Cofactor-independent RNA editing by a synthetic S-type PPR protein.
Cofactor-independent RNA editing by a synthetic S-type PPR protein.
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DOI：
10.1093/synbio/ysab034
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Small I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bernath-Levin K;Schmidberger J;Honkanen S;Gutmann B;Sun YK;Pullakhandam A;Colas des Francs-Small C;Bond CS;Small I
五肽重复（PPR）蛋白是RNA结合蛋白，由于其模块化结构和易于设计，是合成生物学应用中RNA加工的有吸引力的工具。几种不同类型的基序已经从天然PPR蛋白中被描述出来，但迄今为止几乎所有的合成PPR蛋白的研究都集中在最广泛的p型基序上。我们研究了基于在植物细胞器RNA编辑因子中发现的更紧凑的s型PPR基序的串联重复序列合成的PPR蛋白，特别是在石松卷柏中普遍存在。通过一种新的基于平板的筛选方法，我们发现合成的s型PPR蛋白易于设计和结合，具有高亲和力和特异性，并且在广泛的pH、盐和温度条件下都具有功能。我们发现它们在许多情况下都优于合成的p型PPR支架。我们设计了一个s型编辑因子来编辑大肠杆菌中的RNA靶标，并证明它可以有效地编辑，而不需要在系统中添加任何额外的辅助因子。这些特性使s型PPR支架成为开发新的RNA加工工具的理想选择。
Pentatricopeptide repeat (PPR) proteins are RNA-binding proteins that are attractive tools for RNA processing in synthetic biology applications given their modular structure and ease of design. Several distinct types of motifs have been described from natural PPR proteins, but almost all work so far with synthetic PPR proteins has focused on the most widespread P-type motifs. We have investigated synthetic PPR proteins based on tandem repeats of the more compact S-type PPR motif found in plant organellar RNA editing factors and particularly prevalent in the lycophyte Selaginella. With the aid of a novel plate-based screening method, we show that synthetic S-type PPR proteins are easy to design and bind with high affinity and specificity and are functional in a wide range of pH, salt and temperature conditions. We find that they outperform a synthetic P-type PPR scaffold in many situations. We designed an S-type editing factor to edit an RNA target in E. coli and demonstrate that it edits effectively without requiring any additional cofactors to be added to the system. These qualities make S-type PPR scaffolds ideal for developing new RNA processing tools.
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影响因子：
5.6
作者：
Binz, HK;Stumpp, MT;Plückthun, A
通讯作者：
Plückthun, A
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通讯作者：
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Cheng, Shifeng;Gutmann, Bernard;Small, Ian
通讯作者：
Small, Ian
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作者：
Katrekar, Dhruva;Chen, Genghao;Mali, Prashant
通讯作者：
Mali, Prashant
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp348
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Capella-Gutiérrez S;Silla-Martínez JM;Gabaldón T
通讯作者：
Gabaldón T