Structural analysis of biodiversity.
Structural analysis of biodiversity.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0009266
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发表时间：
2010-02-24
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Zhang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sirovich L;Stoeckle MY;Zhang Y
大型的，最近可用的基因组数据库涵盖了广泛的生命形式，这表明有机会深入了解生物多样性的遗传结构。在这项研究中，我们完善了我们最近描述的技术，使用指示载体来分析和可视化核苷酸序列。指示向量方法生成相关矩阵，称为Klee图，它代表了一种组装和查看大型基因组数据集的新方法。为了探索其潜在的实用性，在这里，我们应用改进的算法，以收集近17000个DNA条形码序列，涵盖12个广泛分离的动物类群，表明分类的指示向量在所有11000个测试用例中给出了正确的分配。指标向量分析显示，相应的物种和更高层次的分类部门的不连续性，提出了一个有效的方法来分类的生物从研究不足的群体。与标准距离度量相比，指示向量保留了诊断特征概率，使测试序列的自动分类成为可能，并生成高信息密度的单页显示。这些结果支持应用指示向量对大的核苷酸数据集进行比较分析，并提高了深入了解生物多样性遗传结构中大尺度模式的前景。
Large, recently-available genomic databases cover a wide range of life forms, suggesting opportunity for insights into genetic structure of biodiversity. In this study we refine our recently-described technique using indicator vectors to analyze and visualize nucleotide sequences. The indicator vector approach generates correlation matrices, dubbed Klee diagrams, which represent a novel way of assembling and viewing large genomic datasets. To explore its potential utility, here we apply the improved algorithm to a collection of almost 17000 DNA barcode sequences covering 12 widely-separated animal taxa, demonstrating that indicator vectors for classification gave correct assignment in all 11000 test cases. Indicator vector analysis revealed discontinuities corresponding to species- and higher-level taxonomic divisions, suggesting an efficient approach to classification of organisms from poorly-studied groups. As compared to standard distance metrics, indicator vectors preserve diagnostic character probabilities, enable automated classification of test sequences, and generate high-information density single-page displays. These results support application of indicator vectors for comparative analysis of large nucleotide data sets and raise prospect of gaining insight into broad-scale patterns in the genetic structure of biodiversity.
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影响因子：
3.4
作者：
Smith, Stephen A.;Beaulieu, Jeremy M.;Donoghue, Michael J.
通讯作者：
Donoghue, Michael J.
DOI：
10.1098/rsbl.2003.0025
发表时间：
2003-08-07
影响因子：
4.7
作者：
Hebert, PDN;Ratnasingham, S;deWaard, JR
通讯作者：
deWaard, JR
影响因子：
1.1
作者：
Atteson, K
通讯作者：
Atteson, K
影响因子：
1.1
作者：
Mihaescu, Radu;Levy, Dan;Pachter, Lior
通讯作者：
Pachter, Lior
影响因子：
10.7
作者：
TAMURA, K;NEI, M
通讯作者：
NEI, M