Comprehensive Analyses of Transport Proteins Encoded Within the Genome of “Aromatoleum aromaticum” Strain EbN1
Comprehensive Analyses of Transport Proteins Encoded Within the Genome of “Aromatoleum aromaticum” Strain EbN1
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“Aromatoleumaromaticum”菌株 EbN1 基因组中编码的转运蛋白的综合分析
DOI：
10.1007/s00232-009-9168-2
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发表时间：
2009
影响因子：
2.4
通讯作者：
Saler MH Jr.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tamang DG;Rabus R;Barabote RD;Saler MH Jr.
微生物细菌“Aromatestrium aromaticum”菌株EbN 1专门用于芳香族化合物（包括原油成分）的需氧利用。我们在这里报告的全基因组分析潜在的运输蛋白在A。菌株EbN1。这种生物编码很少的单糖和大多数其他常见碳源的转运蛋白。然而，高达28%的其推定的转运蛋白可以作用于相当疏水的芳香族和脂肪族化合物。我们对基因组内编码的推定转运蛋白进行分类，将它们分配到公认的家族，并提出它们的首选底物。将生物信息学数据与可用的代谢信息相关联，以获得A的代谢网络的综合视图。菌株EbN1。因此，结果表明，这种生物体具有不成比例的大百分比的转运蛋白的疏水性和两亲性的芳香族和脂肪族化合物的吸收和流出相比，以前分析的生物体。我们预测，这些发现将有重要的影响，我们的生理生态学的理解生物修复。
The denitrifying bacterium “Aromatoleum aromaticum” strain EbN1 is specialized for the aerobic utilization of aromatic compounds including crude oil constituents. We here report whole-genome analyses for potential transport proteins inA. aromaticumstrain EbN1. This organism encodes very few transporters for simple sugars and most other common carbon sources. However, up to 28% of its putative transporters may act on fairly hydrophobic aromatic and aliphatic compounds. We categorize the putative transporters encoded within the genome, assign them to recognized families, and propose their preferred substrates. The bioinformatic data are correlated with available metabolic information to obtain an integrated view of the metabolic network ofA. aromaticumstrain EbN1. The results thus indicate that this organism possesses a disproportionately large percentage of transporters for the uptake and efflux of hydrophobic and amphipathic aromatic and aliphatic compounds compared with previously analyzed organisms. We predict that these findings will have important implications for our ecophysiological understanding of bioremediation.
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