A toolkit for the identification of NEAT1_2/paraspeckle modulators.
A toolkit for the identification of NEAT1_2/paraspeckle modulators.
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DOI：
10.1093/nar/gkac771
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发表时间：
2022-11-11
影响因子：
14.9
通讯作者：
Shelkovnikova, Tatyana A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
An, Haiyan;Elvers, Karen T.;Gillespie, Jason A.;Jones, Kimberley;Atack, John R.;Grubisha, Olivera;Shelkovnikova, Tatyana A.
Paraspeckles 是由 NEAT1_2 lncRNA 组装的核糖核蛋白颗粒，NEAT1_2 lncRNA 是核 Paraspeckle 组装转录本 1 (NEAT1) 的亚型。 NEAT1_2/paraspeckles 的失调与多种人类疾病有关，使其成为有吸引力的药物靶点。然而，目前以 NEAT1_2/paraspeckle 为重点的转化研究和药物发现受到有限的工具包的阻碍。为了填补这一空白，我们开发并验证了一套用于识别 NEAT1_2 结合物和调节剂的工具，包括生化和基于细胞的测定。 NEAT1_2 三螺旋稳定性元件被用作生化测定中的靶标，细胞测定（“ParaQuant”）基于固定细胞中 NEAT1_2 的高内涵成像。作为原理证明，这些测定用于筛选 FDA 批准的 1,200 种化合物药物库和 170 种化合物激酶抑制剂库，并确认筛选结果。该检测方法建立起来很简单，仅使用市售试剂，并且可扩展以获得更高的通量。特别是，ParaQuant 是一种经济高效的检测方法，适用于贴壁培养中生长的任何细胞，并且适合多重检测。使用 ParaQuant，我们确定了双重 PI3K/mTOR 抑制剂是 paraspeckles 的有效负调节剂。我们在此描述的工具应该促进副斑点研究，并帮助指导 NEAT1_2/副斑点靶向小分子的搜索、验证和优化。
Paraspeckles are ribonucleoprotein granules assembled by NEAT1_2 lncRNA, an isoform of Nuclear Paraspeckle Assembly Transcript 1 (NEAT1). Dysregulation of NEAT1_2/paraspeckles has been linked to multiple human diseases making them an attractive drug target. However currently NEAT1_2/paraspeckle-focused translational research and drug discovery are hindered by a limited toolkit. To fill this gap, we developed and validated a set of tools for the identification of NEAT1_2 binders and modulators comprised of biochemical and cell-based assays. The NEAT1_2 triple helix stability element was utilized as the target in the biochemical assays, and the cellular assay (‘ParaQuant’) was based on high-content imaging of NEAT1_2 in fixed cells. As a proof of principle, these assays were used to screen a 1,200-compound FDA-approved drug library and a 170-compound kinase inhibitor library and to confirm the screening hits. The assays are simple to establish, use only commercially-available reagents and are scalable for higher throughput. In particular, ParaQuant is a cost-efficient assay suitable for any cells growing in adherent culture and amenable to multiplexing. Using ParaQuant, we identified dual PI3K/mTOR inhibitors as potent negative modulators of paraspeckles. The tools we describe herein should boost paraspeckle studies and help guide the search, validation and optimization of NEAT1_2/paraspeckle-targeted small molecules.
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影响因子：
56.9
作者：
Carninci, P;Kasukawa, T;Hayashizaki, Y
通讯作者：
Hayashizaki, Y
影响因子：
16.6
作者：
Donlic, Anita;Morgan, Brittany S.;Hargrove, Amanda E.
通讯作者：
Hargrove, Amanda E.
DOI：
10.1146/annurev-pharmtox-010715-103910
发表时间：
2016
影响因子：
12.5
作者：
Childs-Disney JL;Disney MD
通讯作者：
Disney MD
影响因子：
5
作者：
An, Haiyan;Williams, Non G;Shelkovnikova, Tatyana A
通讯作者：
Shelkovnikova, Tatyana A
影响因子：
16.8
作者：
Brown JA;Bulkley D;Wang J;Valenstein ML;Yario TA;Steitz TA;Steitz JA
通讯作者：
Steitz JA