scDual-Seq: mapping the gene regulatory program of Salmonella infection by host and pathogen single-cell RNA-sequencing.
scDual-Seq: mapping the gene regulatory program of Salmonella infection by host and pathogen single-cell RNA-sequencing.
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DOI：
10.1186/s13059-017-1340-x
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发表时间：
2017-10-27
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Yanai I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Avital G;Avraham R;Fan A;Hashimshony T;Hung DT;Yanai I
病原体和宿主之间的相互作用是一个高度动态的过程，其中两种病原体都激活复杂的程序。在这里，我们介绍了一种单细胞RNA测序方法，scDual-Seq，同时捕获宿主和病原体转录组。我们用它来研究单个小鼠巨噬细胞感染细胞内病原体鼠伤寒沙门氏菌的过程。在受感染的巨噬细胞中，我们发现了三个亚群，并且我们显示了通过这些亚群线性进展的证据，支持这三种状态对应于连续感染阶段的模型。本文的在线版本（doi：10.1186/s13059-017-1340-x）包含补充材料，可供授权用户使用。
The interaction between a pathogen and a host is a highly dynamic process in which both agents activate complex programs. Here, we introduce a single-cell RNA-sequencing method, scDual-Seq, that simultaneously captures both host and pathogen transcriptomes. We use it to study the process of infection of individual mouse macrophages with the intracellular pathogen Salmonella typhimurium. Among the infected macrophages, we find three subpopulations and we show evidence for a linear progression through these subpopulations, supporting a model in which these three states correspond to consecutive stages of infection. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-017-1340-x) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
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作者：
Shalek, Alex K.;Satija, Rahul;Shuga, Joe;Trombetta, John J.;Gennert, Dave;Lu, Diana;Chen, Peilin;Gertner, Rona S.;Gaublomme, Jellert T.;Yosef, Nir;Schwartz, Schraga;Fowler, Brian;Weaver, Suzanne;Wang, Jing;Wang, Xiaohui;Ding, Ruihua;Raychowdhury, Raktima;Friedman, Nir;Hacohen, Nir;Park, Hongkun;May, Andrew P.;Regev, Aviv
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