Identification of N-terminally arginylated proteins and peptides by mass spectrometry.
Identification of N-terminally arginylated proteins and peptides by mass spectrometry.
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通过质谱法鉴定 N 末端精氨酸化的蛋白质和肽。
DOI：
10.1038/nprot.2008.248
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发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
14.8
通讯作者：
Yates, John R., III
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu, Tao;Wong, Catherine C. L.;Kashina, Anna;Yates, John R., III
该方案描述了基于质谱的蛋白质样品分析的基本步骤，可用于鉴定翻译后腺苷酸化。我们描述了样品制备和消化的特殊考虑，使用高精度仪器的质谱分析，数据库搜索的N-末端精氨酸的添加，以及自动和手动数据验证的多个步骤。数据验证尤其重要，涉及自动数据过滤、手动消除质量模糊性、同位素峰检查和分析推定的乙酰化肽的离子碎裂模式。目前，该方案代表了用于鉴定后乙酰化蛋白质的唯一明确方法，并且其可用于鉴定新的乙酰化蛋白质。该方法给出了一个明确的答案，在简单和复杂的蛋白质制剂中的乙酰化蛋白质和肽的身份。它被推荐用于研究腺苷酸化，并可应用于其他了解不多的翻译后修饰。
This protocol describes the essential steps of mass spectrometry-based analysis of protein samples that can be used to identify post-translational arginylation. We describe special considerations for sample preparation and digestion, mass spectrometry analysis using high precision instruments, database searching for the addition of N-terminal Arg, and multiple steps of automated and manual data validation. Data validation is especially important and involves automated data filtering, manual elimination of mass ambiguities, isotopic peak checking, and analysis of the ion fragmentation patterns of the putative arginylated peptides. Currently this protocol represents the only unambiguous method for identification of posttranslationally arginylated proteins and it can be used for identification of new arginylated proteins. This method gives a definitive answer on the identity of arginylated proteins and peptides in simple and complex protein preparations. It is recommended for studies of arginylation and can be applied to other poorly understood post-translational modifications.
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影响因子：
46.9
作者：
Washburn, MP;Wolters, D;Yates, JR
通讯作者：
Yates, JR
影响因子：
5.8
作者：
Craig, R;Beavis, RC
通讯作者：
Beavis, RC
DOI：
10.1242/dev.022723
发表时间：
2008-12
期刊：
Development (Cambridge, England)
影响因子：
--
作者：
Rai R;Wong CC;Xu T;Leu NA;Dong DW;Guo C;McLaughlin KJ;Yates JR 3rd;Kashina A
通讯作者：
Kashina A
影响因子：
4.4
作者：
Tabb, DL;McDonald, WH;Yates, JR
通讯作者：
Yates, JR
影响因子：
7.4
作者：
Shen, Yufeng;Tolic, Nikola;Smith, Richard D.
通讯作者：
Smith, Richard D.