GraP: platform for functional genomics analysis of Gossypium raimondii.
GraP: platform for functional genomics analysis of Gossypium raimondii.
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DOI：
10.1093/database/bav047
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Su Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang L;Guo J;You Q;Yi X;Ling Y;Xu W;Hua J;Su Z
棉花（Gossypium spp.）是世界上最重要的天然纤维和油料作物之一。在变化环境下提高纤维产量和品质是棉花研究者关注的焦点，但目前尚缺乏一个整合组学数据的功能分析平台。棉花基因组测序的成功和大量可用的转录组数据使我们有机会建立一个综合分析平台来整合这些数据和相关信息。构建了一个综合性的数据库--雷蒙棉功能基因组分析平台（GraP），提供多维分析、整合和可视化工具。GraP包括更新的功能注释，基因家族分类，蛋白质-蛋白质相互作用网络，共表达网络和microRNA-靶点对。此外，还提供了基因集富集分析和顺式元件显著性分析工具，用于高通量数据集的基因批量分析。基于这些有效的服务，GraP可以为后续的功能基因研究和高通量数据的深入分析提供进一步的信息。GraP可在http：//structuralbiology.cau.edu.cn/GraP/上检索，所有数据均可下载。
Cotton (Gossypium spp.) is one of the most important natural fiber and oil crops worldwide. Improvement of fiber yield and quality under changing environments attract much attention from cotton researchers; however, a functional analysis platform integrating omics data is still missing. The success of cotton genome sequencing and large amount of available transcriptome data allows the opportunity to establish a comprehensive analysis platform for integrating these data and related information. A comprehensive database, Platform of Functional Genomics Analysis in Gossypium raimondii (GraP), was constructed to provide multi-dimensional analysis, integration and visualization tools. GraP includes updated functional annotation, gene family classifications, protein–protein interaction networks, co-expression networks and microRNA–target pairs. Moreover, gene set enrichment analysis and cis-element significance analysis tools are also provided for gene batch analysis of high-throughput data sets. Based on these effective services, GraP may offer further information for subsequent studies of functional genes and in-depth analysis of high-throughput data. GraP is publically accessible at http://structuralbiology.cau.edu.cn/GraP/, with all data available for downloading.
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