SalmonDB: a bioinformatics resource for Salmo salar and Oncorhynchus mykiss.
SalmonDB: a bioinformatics resource for Salmo salar and Oncorhynchus mykiss.
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SalmondB：Salmo Salar和Oncorhynchus Mykiss的生物信息学资源。
DOI：
10.1093/database/bar050
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Iturra P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Di Génova A;Aravena A;Zapata L;González M;Maass A;Iturra P
SalmonDB是一个包含萨尔莫、虹鳟EST序列和斑马鱼、棘腹鱼、青鱼、青鳞鱼和红鳍东方鲀全基因组序列的多生物数据库，采用GMOD项目、GOPAc系统和BioMart项目的核心组件构建。该资源提供的信息包括基因本体论术语，代谢途径，SNP预测，CDS预测，直系同源物预测，几个预先计算的BLAST搜索和域。它还提供了一个BLAST服务器，用于将用户提供的序列与任何数据库进行匹配，并提供了一个高级查询工具（BioMart），可以使用用户定义的标准轻松浏览EST数据库。这些工具使SalmonDB数据库成为研究人员搜索S. salar和其他salmonid物种。该数据库预计将在近期内增长的功能，特别是与S。萨拉基因组测序计划。数据库URL：http://genomicasalmones.dim.uchile.cl/
SalmonDB is a new multiorganism database containing EST sequences from Salmo salar, Oncorhynchus mykiss and the whole genome sequence of Danio rerio, Gasterosteus aculeatus, Tetraodon nigroviridis, Oryzias latipes and Takifugu rubripes, built with core components from GMOD project, GOPArc system and the BioMart project. The information provided by this resource includes Gene Ontology terms, metabolic pathways, SNP prediction, CDS prediction, orthologs prediction, several precalculated BLAST searches and domains. It also provides a BLAST server for matching user-provided sequences to any of the databases and an advanced query tool (BioMart) that allows easy browsing of EST databases with user-defined criteria. These tools make SalmonDB database a valuable resource for researchers searching for transcripts and genomic information regarding S. salar and other salmonid species. The database is expected to grow in the near feature, particularly with the S. salar genome sequencing project. Database URL: http://genomicasalmones.dim.uchile.cl/
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影响因子：
4.4
作者：
Koop, Ben F.;von Schalburg, Kristian R.;Leong, Jong;Walker, Neil;Lieph, Ryan;Cooper, Glenn A.;Robb, Adrienne;Beetz-Sargent, Marianne;Holt, Robert A.;Moore, Richard;Brahmbhatt, Sonal;Rosner, Jamie;Rexroad, Caird E., III;McGowan, Colin R.;Davidson, William S.
通讯作者：
Davidson, William S.
DOI：
10.1111/j.1471-8286.2005.01056.x
发表时间：
2005-12-01
期刊：
MOLECULAR ECOLOGY NOTES
影响因子：
--
作者：
Ng, SHS;Chang, A;Davidson, WS
通讯作者：
Davidson, WS
影响因子：
4.4
作者：
Moen, Thomas;Hayes, Ben;Baranski, Matthew;Berg, Paul R.;Kjoglum, Sissel;Koop, Ben F.;Davidson, Willie S.;Omholt, Stig W.;Lien, Sigbjorn
通讯作者：
Lien, Sigbjorn
影响因子：
14.9
作者：
Letunic I;Doerks T;Bork P
通讯作者：
Bork P
影响因子：
64.8
作者：
Kasahara, Masahiro;Naruse, Kiyoshi;Kohara, Yuji
通讯作者：
Kohara, Yuji