Snapshots of gene expression in rice: limitations for allelic expression imbalance determination.
Snapshots of gene expression in rice: limitations for allelic expression imbalance determination.
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水稻基因表达快照：等位基因表达失衡测定的局限性。
作者：
Akkinepalli H
在对水稻中顺式作用调控元件引起的基因差异表达的初步研究中，缺乏可重复性使我们质疑等位基因表达失衡测定的基本前提：即cDNA表达比例与基因组DNA中观察到的差异为顺式作用多态性提供了明确的证据。本文描述了旨在证明PCR反应中低拷贝数目标的随机变化即使从两个等位基因的相同拷贝数开始时也会产生可变的等位基因比率的实验。这些与预期的1:1比例的显著偏离解释了我们的cDNA测量结果缺乏可重复性。
In an initial investigation of differential expression of genes caused bycis-acting regulatory elements in rice, the lack of reproducibility led us to question the basic premise of allelic expression imbalance determination: namely that departures of cDNA expression ratios from those observed in genomic DNA provide unequivocal evidence ofcis-acting polymorphisms. This paper describes experiments designed to demonstrate that stochastic variation in low copy number of targets in PCR reactions give variable allelic ratios even when starting with the same copy numbers of the two alleles. These significant departures from an expected 1:1 ratio provide an explanation to the lack of reproducibility observed for our cDNA measurements.
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