Detecting hierarchical genome folding with network modularity.
Detecting hierarchical genome folding with network modularity.
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DOI：
10.1038/nmeth.4560
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发表时间：
2018-03
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Phillips-Cremins JE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Norton HK;Emerson DJ;Huang H;Kim J;Titus KR;Gu S;Bassett DS;Phillips-Cremins JE
哺乳动物基因组折叠在一个层次的隔间，拓扑关联结构域（TADs），subTADs和循环的相互作用。在这里，我们描述了3DNetMod，这是一种基于图论的方法，用于在Hi-C数据中跨长度尺度敏感和准确地检测染色质结构域。我们确定嵌套的，部分重叠的TADs和subTADs基因组范围内通过优化网络模块化和改变一个单一的分辨率参数。3DNetMod可以广泛应用于了解发育和疾病中的基因组重构。
Mammalian genomes are folded in a hierarchy of compartments, topologically associating domains (TADs), subTADs and looping interactions. Here, we describe 3DNetMod, a graph theory-based method for sensitive and accurate detection of chromatin domains across length scales in Hi-C data. We identify nested, partially overlapping TADs and subTADs genome wide by optimizing network modularity and varying a single resolution parameter. 3DNetMod can be applied broadly to understand genome reconfiguration in development and disease.
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影响因子：
64.5
作者：
Phillips-Cremins JE;Sauria ME;Sanyal A;Gerasimova TI;Lajoie BR;Bell JS;Ong CT;Hookway TA;Guo C;Sun Y;Bland MJ;Wagstaff W;Dalton S;McDevitt TC;Sen R;Dekker J;Taylor J;Corces VG
通讯作者：
Corces VG
DOI：
10.1038/nrg3454
发表时间：
2013-06
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
30.8
作者：
Jiang Y;Loh YE;Rajarajan P;Hirayama T;Liao W;Kassim BS;Javidfar B;Hartley BJ;Kleofas L;Park RB;Labonte B;Ho SM;Chandrasekaran S;Do C;Ramirez BR;Peter CJ;C W JT;Safaie BM;Morishita H;Roussos P;Nestler EJ;Schaefer A;Tycko B;Brennand KJ;Yagi T;Shen L;Akbarian S
通讯作者：
Akbarian S
影响因子：
10.2
作者：
Red, Veronica;Kelsic, Eric D.;Porter, Mason A.
通讯作者：
Porter, Mason A.
DOI：
10.1073/pnas.0601602103
发表时间：
2006-06-06
影响因子：
11.1
作者：
Newman, M. E. J.
通讯作者：
Newman, M. E. J.