Streamlined inactivation, amplification, and Cas13-based detection of SARS-CoV-2.
Streamlined inactivation, amplification, and Cas13-based detection of SARS-CoV-2.
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基于SARS-COV-2的基于SARS-COV-2的基于SARS-COV-2的基于简化的灭活，扩增和CAS13的检测。
DOI：
10.1038/s41467-020-19097-x
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发表时间：
2020-11-20
影响因子：
16.6
通讯作者：
Myhrvold C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Arizti-Sanz J;Freije CA;Stanton AC;Petros BA;Boehm CK;Siddiqui S;Shaw BM;Adams G;Kosoko-Thoroddsen TF;Kemball ME;Uwanibe JN;Ajogbasile FV;Eromon PE;Gross R;Wronka L;Caviness K;Hensley LE;Bergman NH;MacInnis BL;Happi CT;Lemieux JE;Sabeti PC;Myhrvold C
COVID-19大流行凸显了新的诊断技术对于控制疾病传播至关重要。在这里，我们开发了SHINE（Streamlined Highlighting of Infections to Navigate Epidemics），这是一种灵敏和特异的诊断工具，可以从未提取的样本中检测SARS-CoV-2 RNA。我们确定了最佳条件，允许RPA扩增和Cas 13检测在一个步骤中进行，简化了检测准备并缩短了运行时间。我们改进哈德逊，使其在10分钟内快速消除鼻咽拭子和唾液中的病毒。SHINE的结果可以通过管内荧光读数进行可视化-由于扩增反应管保持密封，因此降低了污染风险-并通过配套的智能手机应用程序进行解释。我们在50例鼻咽患者样本上验证了SHINE，与RT-qPCR相比，其灵敏度为90%，特异性为100%，样本到应答时间为50分钟。SHINE具有在医院和临床实验室之外使用的潜力，大大提高了诊断能力。COVID-19疫情凸显了对用户友好型诊断技术的需求。在这里，作者介绍了SHINE，这是一种简化和优化的基于Cas 13的方法，并附带智能手机应用程序用于视觉诊断。
The COVID-19 pandemic has highlighted that new diagnostic technologies are essential for controlling disease transmission. Here, we develop SHINE (Streamlined Highlighting of Infections to Navigate Epidemics), a sensitive and specific diagnostic tool that can detect SARS-CoV-2 RNA from unextracted samples. We identify the optimal conditions to allow RPA-based amplification and Cas13-based detection to occur in a single step, simplifying assay preparation and reducing run-time. We improve HUDSON to rapidly inactivate viruses in nasopharyngeal swabs and saliva in 10 min. SHINE’s results can be visualized with an in-tube fluorescent readout — reducing contamination risk as amplification reaction tubes remain sealed — and interpreted by a companion smartphone application. We validate SHINE on 50 nasopharyngeal patient samples, demonstrating 90% sensitivity and 100% specificity compared to RT-qPCR with a sample-to-answer time of 50 min. SHINE has the potential to be used outside of hospitals and clinical laboratories, greatly enhancing diagnostic capabilities. The COVID-19 pandemic has highlighted the need for user-friendly diagnostic techniques. Here, the authors present SHINE, a streamlined and optimised Cas13-based method with accompanying smartphone app for visual diagnosis.
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DOI：
10.1126/science.aas8836
发表时间：
2018-04-27
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Myhrvold C;Freije CA;Gootenberg JS;Abudayyeh OO;Metsky HC;Durbin AF;Kellner MJ;Tan AL;Paul LM;Parham LA;Garcia KF;Barnes KG;Chak B;Mondini A;Nogueira ML;Isern S;Michael SF;Lorenzana I;Yozwiak NL;MacInnis BL;Bosch I;Gehrke L;Zhang F;Sabeti PC
通讯作者：
Sabeti PC
用于病毒检测的增强的等温扩增测定法。
影响因子：
16.6
作者：
Qian J;Boswell SA;Chidley C;Lu ZX;Pettit ME;Gaudio BL;Fajnzylber JM;Ingram RT;Ward RH;Li JZ;Springer M
通讯作者：
Springer M
DOI：
10.1126/science.aaf5573
发表时间：
2016-08-05
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Abudayyeh OO;Gootenberg JS;Konermann S;Joung J;Slaymaker IM;Cox DB;Shmakov S;Makarova KS;Semenova E;Minakhin L;Severinov K;Regev A;Lander ES;Koonin EV;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
影响因子：
3.7
作者：
Katzmeier, Florian;Aufinger, Lukas;Heymann, Michael
通讯作者：
Heymann, Michael
影响因子：
16.6
作者：
Barnes, Kayla G.;Lachenauer, Anna E.;Sabeti, Pardis C.
通讯作者：
Sabeti, Pardis C.