Field-deployable viral diagnostics using CRISPR-Cas13.
Field-deployable viral diagnostics using CRISPR-Cas13.
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DOI：
10.1126/science.aas8836
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发表时间：
2018-04-27
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Sabeti PC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Myhrvold C;Freije CA;Gootenberg JS;Abudayyeh OO;Metsky HC;Durbin AF;Kellner MJ;Tan AL;Paul LM;Parham LA;Garcia KF;Barnes KG;Chak B;Mondini A;Nogueira ML;Isern S;Michael SF;Lorenzana I;Yozwiak NL;MacInnis BL;Bosch I;Gehrke L;Zhang F;Sabeti PC
减轻全球传染病需要灵敏、特异且能在现场快速部署的诊断工具。在此，我们证明基于Cas13的SHERLOCK（特异性高灵敏度酶促报告解锁）平台能够在患者样本中检测到寨卡病毒（ZIKV）和登革热病毒（DENV），浓度低至1拷贝/微升。我们开发了HUDSON（加热未提取的诊断样本以消除核酸酶）方法，该方法与SHERLOCK配合使用，可直接从体液中检测病毒，能够在不到2小时内直接从患者样本中无需仪器检测登革热病毒。我们进一步证明SHERLOCK能够区分4种登革热病毒血清型以及2015 - 2016年大流行期间寨卡病毒的地区特异性毒株。最后，我们报告了无需仪器检测临床相关病毒单核苷酸多态性的检测方法的快速设计和测试（<1周）。
Mitigating global infectious disease requires diagnostic tools that are sensitive, specific, and rapidly field-deployable. Here, we demonstrate that the Cas13-based SHERLOCK (Specific High Sensitivity Enzymatic Reporter UnLOCKing) platform can detect Zika virus (ZIKV) and dengue virus (DENV) in patient samples at concentrations down to 1 copy/μl. We develop HUDSON (Heating Unextracted Diagnostic Samples to Obliterate Nucleases), a protocol that pairs with SHERLOCK for viral detection directly from bodily fluids, enabling instrument-free DENV detection directly from patient samples in < 2 hours. We further demonstrate that SHERLOCK can distinguish the 4 DENV serotypes as well as region-specific strains of ZIKV from the 2015–2016 pandemic. Finally, we report the rapid design and testing (<1 week) of instrument-free assays to detect clinically relevant viral single nucleotide polymorphisms.
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DOI：
10.1126/science.aaf5573
发表时间：
2016-08-05
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Abudayyeh OO;Gootenberg JS;Konermann S;Joung J;Slaymaker IM;Cox DB;Shmakov S;Makarova KS;Semenova E;Minakhin L;Severinov K;Regev A;Lander ES;Koonin EV;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
基因组流行病学揭示了寨卡病毒的多次引入到美国。
影响因子：
64.8
作者：
Grubaugh ND;Ladner JT;Kraemer MUG;Dudas G;Tan AL;Gangavarapu K;Wiley MR;White S;Thézé J;Magnani DM;Prieto K;Reyes D;Bingham AM;Paul LM;Robles-Sikisaka R;Oliveira G;Pronty D;Barcellona CM;Metsky HC;Baniecki ML;Barnes KG;Chak B;Freije CA;Gladden-Young A;Gnirke A;Luo C;MacInnis B;Matranga CB;Park DJ;Qu J;Schaffner SF;Tomkins-Tinch C;West KL;Winnicki SM;Wohl S;Yozwiak NL;Quick J;Fauver JR;Khan K;Brent SE;Reiner RC Jr;Lichtenberger PN;Ricciardi MJ;Bailey VK;Watkins DI;Cone MR;Kopp EW 4th;Hogan KN;Cannons AC;Jean R;Monaghan AJ;Garry RF;Loman NJ;Faria NR;Porcelli MC;Vasquez C;Nagle ER;Cummings DAT;Stanek D;Rambaut A;Sanchez-Lockhart M;Sabeti PC;Gillis LD;Michael SF;Bedford T;Pybus OG;Isern S;Palacios G;Andersen KG
通讯作者：
Andersen KG
CRISPR-C2C2的两种不同的RNase活性启用了指导RNA处理和RNA检测。
影响因子：
64.8
作者：
East-Seletsky A;O'Connell MR;Knight SC;Burstein D;Cate JH;Tjian R;Doudna JA
通讯作者：
Doudna JA
影响因子：
8.8
作者：
Faye, Oumar;Faye, Ousmane;Sall, Amadou Alpha
通讯作者：
Sall, Amadou Alpha
影响因子：
64.8
作者：
Metsky, Hayden C.;Matranga, Christian B.;Sabeti, Pardis C.
通讯作者：
Sabeti, Pardis C.