Precise maps of RNA polymerase reveal how promoters direct initiation and pausing.
Precise maps of RNA polymerase reveal how promoters direct initiation and pausing.
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DOI：
10.1126/science.1229386
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发表时间：
2013-02-22
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Lis JT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kwak H;Fuda NJ;Core LJ;Lis JT
转录调节经常通过启动子相关的RNA聚合酶II （Pol II）暂停发生。我们开发了一种精确核运行和测序测定（PRO-seq），以碱基对分辨率绘制转录参与的Pol II的全基因组分布。Pol II在启动子下游、有效用于剪接的内含子-外显子连接处和3'聚腺苷化位点上立即积累。对启动子的集中分析表明，暂停不是相对于起始位点固定的，也不是由特定核心启动子元件或第一核小体的位置直接指定的。核心启动子元件的功能超越起始，当它们处于最佳位置时，它们共同作用，决定暂停的位置和强度。我们用果蝇Hsp70核心启动子的插入突变来测试这种“复杂相互作用”模型。
Transcription regulation occurs frequently through promoter-associated pausing of RNA polymerase II (Pol II). We developed a Precision nuclear Run-On and sequencing assay (PRO-seq) to map the genome-wide distribution of transcriptionally-engaged Pol II at base-pair resolution. Pol II accumulates immediately downstream of promoters, at intron-exon junctions that are efficiently used for splicing, and over 3' poly-adenylation sites. Focused analyses of promoters reveal that pausing is not fixed relative to initiation sites nor is it specified directly by the position of a particular core promoter element or the first nucleosome. Core promoter elements function beyond initiation, and when optimally positioned they act collectively to dictate the position and strength of pausing. We test this ‘Complex Interaction’ model with insertional mutagenesis of the Drosophila Hsp70 core promoter.
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影响因子：
8.8
作者：
Core LJ;Waterfall JJ;Gilchrist DA;Fargo DC;Kwak H;Adelman K;Lis JT
通讯作者：
Lis JT
影响因子：
5.3
作者：
Lee, Chanhyo;Li, Xiaoyong;Gilmour, David S.
通讯作者：
Gilmour, David S.
DOI：
10.1126/science.1181421
发表时间：
2010-01-15
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Nechaev S;Fargo DC;dos Santos G;Liu L;Gao Y;Adelman K
通讯作者：
Adelman K
影响因子：
64.5
作者：
Hah N;Danko CG;Core L;Waterfall JJ;Siepel A;Lis JT;Kraus WL
通讯作者：
Kraus WL
DOI：
10.1073/pnas.90.17.7923
发表时间：
1993-09-01
影响因子：
11.1
作者：
RASMUSSEN, EB;LIS, JT
通讯作者：
LIS, JT