Chromosome-scale selective sweeps shape Caenorhabditis elegans genomic diversity.
Chromosome-scale selective sweeps shape Caenorhabditis elegans genomic diversity.
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DOI：
10.1038/ng.1050
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发表时间：
2012-01-29
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Kruglyak, Leonid
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Andersen, Erik C.;Gerke, Justin P.;Shapiro, Joshua A.;Crissman, Jonathan R.;Ghosh, Rajarshi;Bloom, Joshua S.;Felix, Marie-Anne;Kruglyak, Leonid
秀丽隐杆线虫是分子、细胞和发育生物学研究的核心，但几乎所有的研究都是在单一菌株上进行的。相对而言，人们对该物种的种群基因组和进化历史知之甚少。我们对C.通过对全球收集的200种野生菌株进行高通量选择性测序，确定了41，188个单核苷酸多态性，从而确定了线虫的遗传变异。出乎意料的是，C。线虫的基因组变异主要由六条染色体中的四条上的一组共同共享的单倍型所控制，每条染色体跨越许多兆碱基。群体遗传模型表明，这种模式是由染色体规模的选择性扫描产生的，这种扫描减少了世界范围内的变异;至少有一次扫描可能发生在过去的几百年里。我们假设这些清扫是人类活动的结果，已经极大地重塑了全球C。在过去的一段时间里，Elegans的人口。
The nematode Caenorhabditis elegans is central to research in molecular, cell, and developmental biology, but nearly all of this research has been conducted on a single strain. Comparatively little is known about the population genomic and evolutionary history of this species. We characterized C. elegans genetic variation by high-throughput selective sequencing of a worldwide collection of 200 wild strains, identifying 41,188 single nucleotide polymorphisms. Unexpectedly, C. elegans genome variation is dominated by a set of commonly shared haplotypes on four of the six chromosomes, each spanning many megabases. Population-genetic modeling shows that this pattern was generated by chromosome-scale selective sweeps that have reduced variation worldwide; at least one of these sweeps likely occurred in the past few hundred years. These sweeps, which we hypothesize to be a result of human activity, have dramatically reshaped the global C. elegans population in the recent past.
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