Description and initial characterization of metatranscriptomic nidovirus-like genomes from the proposed new family Abyssoviridae, and from a sister group to the Coronavirinae, the proposed genus Alphaletovirus.
Description and initial characterization of metatranscriptomic nidovirus-like genomes from the proposed new family Abyssoviridae, and from a sister group to the Coronavirinae, the proposed genus Alphaletovirus.
复制标题
DOI：
10.1016/j.virol.2018.08.010
复制
发表时间：
2018-11
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Neuman BW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bukhari K;Mulley G;Gulyaeva AA;Zhao L;Shu G;Jiang J;Neuman BW
转录组学通过对细胞内总RNA池进行测序，有可能发现新的RNA病毒基因组。在这项研究中，我们搜索了公开可用的转录本，寻找与Nidovirales目病毒相似的序列。我们报道了两个可能的NidVirus基因组，一个是来自加利福尼亚海兔的高度分化的35.9 kb的全基因组，我们将其命名为Aplysia abyssoVirus 1(AAbV)，另一个是来自花纹侏儒蛙的一个类似冠状病毒的22.3 kb的部分基因组，我们将其归属于NidVirus(Microhyla AlphalToVirus 1)。结果表明，AAbV编码一个功能性的主要蛋白水解酶和一个翻译通读信号。系统发育分析表明，AAbV代表了一个新的科，这里提出为Abyssoviridae。MLeV代表其他已知冠状病毒的姊妹群。讨论了MLeV和AAbV对了解NidVirus进化的重要性，以及陆地NidoVirus的起源。
Transcriptomics has the potential to discover new RNA virus genomes by sequencing total intracellular RNA pools. In this study, we have searched publicly available transcriptomes for sequences similar to viruses of the Nidovirales order. We report two potential nidovirus genomes, a highly divergent 35.9 kb likely complete genome from the California sea hare Aplysia californica, which we assign to a nidovirus named Aplysia abyssovirus 1 (AAbV), and a coronavirus-like 22.3 kb partial genome from the ornamented pygmy frog Microhyla fissipes, which we assign to a nidovirus named Microhyla alphaletovirus 1 (MLeV). AAbV was shown to encode a functional main proteinase, and a translational readthrough signal. Phylogenetic analysis suggested that AAbV represents a new family, proposed here as Abyssoviridae. MLeV represents a sister group to the other known coronaviruses. The importance of MLeV and AAbV for understanding nidovirus evolution, and the origin of terrestrial nidoviruses are discussed.
登录
查看更多内容
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
冠状病毒主蛋白酶的结构揭示了甲over依蛋白酶折叠与额外的α-螺旋结构域的组合。
影响因子：
11.4
作者：
Anand, Kanchan;Palm, Gottfried J;Mesters, Jeroen R;Siddell, Stuart G;Ziebuhr, John;Hilgenfeld, Rolf
通讯作者：
Hilgenfeld, Rolf
影响因子：
5.4
作者：
Lauck, Michael;Alkhovsky, Sergey V.;Kuhn, Jens H.
通讯作者：
Kuhn, Jens H.
影响因子：
5.4
作者：
Lokugamage, Kumari G.;Narayanan, Krishna;Makino, Shinji
通讯作者：
Makino, Shinji
DOI：
10.1016/j.cbd.2010.03.003
发表时间：
2010-06
影响因子：
3
作者：
Fiedler, T. J.;Hudder, A.;Mckay, S. J.;Shivkumar, S.;Capo, T. R.;Schmale, M. C.;Walsh, P. J.
通讯作者：
Walsh, P. J.