Function-valued traits in evolution.
Function-valued traits in evolution.
复制标题
DOI：
10.1098/rsif.2012.1032
复制
发表时间：
2013-05-06
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Knight CG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hadjipantelis PZ;Jones NS;Moriarty J;Springate DA;Knight CG
许多生物学特征的进化兴趣不是标量变量，而是连续函数。给定进化产生的功能值性状的数据集，我们开发了一种实用的统计方法来推断祖先功能值性状，并估计生成进化过程。我们这样做是通过结合降维和系统发育高斯过程回归，一个非参数的程序，明确占已知的系统发育关系。我们测试的性能的方法模拟，从随机演化模型生成的函数值数据。该方法适用于假设，只有在其尖端的分类群的遗传，和功能值性状是已知的。我们的方法是强大的，适用于广泛的功能值的数据，也提供了一个遗传意识的方法来估计功能值的性状的自相关。
Many biological characteristics of evolutionary interest are not scalar variables but continuous functions. Given a dataset of function-valued traits generated by evolution, we develop a practical, statistical approach to infer ancestral function-valued traits, and estimate the generative evolutionary process. We do this by combining dimension reduction and phylogenetic Gaussian process regression, a non-parametric procedure that explicitly accounts for known phylogenetic relationships. We test the performance of methods on simulated, function-valued data generated from a stochastic evolutionary model. The methods are applied assuming that only the phylogeny, and the function-valued traits of taxa at its tips are known. Our method is robust and applicable to a wide range of function-valued data, and also offers a phylogenetically aware method for estimating the autocorrelation of function-valued traits.
登录
查看更多内容
TreeFam：动物基因家族系统发育树的精选数据库
影响因子：
14.9
作者：
Li, Heng;Coghlan, Avril;Ruan, Jue;Coin, Lachlan James;Heriche, Jean-Karim;Osmotherly, Lara;Li, Ruiqiang;Liu, Tao;Zhang, Zhang;Bolund, Lars;Wong, Gane Ka-Shu;Zheng, Weimou;Dehal, Paramvir;Wang, Jun;Durbin, Richard
通讯作者：
Durbin, Richard
影响因子：
2.9
作者：
Butler, MA;King, AA
通讯作者：
King, AA
影响因子：
7.8
作者：
Hyvärinen, A;Oja, E
通讯作者：
Oja, E
影响因子：
3.3
作者：
CHEVERUD, JM;DOW, MM;LEUTENEGGER, W
通讯作者：
LEUTENEGGER, W
影响因子：
1.5
作者：
Kingsolver, JG;Gomulkiewicz, R;Carter, PA
通讯作者：
Carter, PA