AdmixSim: A Forward-Time Simulator for Various Complex Scenarios of Population Admixture.
AdmixSim: A Forward-Time Simulator for Various Complex Scenarios of Population Admixture.
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AdmixSim：用于人口混合的各种复杂场景的正向时间模拟器
DOI：
10.3389/fgene.2020.601439
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发表时间：
2020
影响因子：
3.7
通讯作者：
Xu S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang X;Yuan K;Ni X;Zhou Y;Guo W;Xu S
背景资料：群体混杂是人类、动物和植物中普遍存在的现象，它对个体遗传结构和群体遗传多样性的形成起着非常重要的作用。然而，群体混合的推断是非常具有挑战性的，并且通常依赖于计算机模拟。我们意识到，目前还没有一种用于这一目的的计算机化工具。一个能够在各种复杂的混合情况下产生数据的模拟器将有助于研究混合种群中的重组、连锁不平衡、祖先追溯和混合动力学。我们在这里描述了这样一个模拟器。结果：我们开发了一个前向时间模拟器（AdmixSim）下的标准赖特费舍尔模型。它可以模拟以下混合种群：（1）多个祖先种群;（2）多波混合事件;（3）波动的种群大小;（4）波动比例的混合物。AdmixSim对模拟数据的分析表明，我们的模拟器可以快速准确地生成与真实世界值相似的数据。我们在AdmixSim中包含了所有可能的参数，允许用户轻松修改和模拟任何类型的混合场景，因此它非常灵活。AdmixSim记录了来自不同祖先群体的每个染色体片段的重组断点和痕迹，用户可以很容易地进行进一步的分析和经验数据的比较研究。结论：AdmixSim提供了一个模拟框架，可以灵活地实现各种混合模型和参数，从而促进了种群混合的研究。
Background: Population admixture is a common phenomenon in humans, animals, and plants, and it plays a very important role in shaping individual genetic architecture and population genetic diversity. Inference of population admixture, however, is very challenging and typically relies on in silico simulation. We are aware of the lack of a computerized tool for such a purpose. A simulator capable of generating data under various complex admixture scenarios would facilitate the study of recombination, linkage disequilibrium, ancestry tracing, and admixture dynamics in admixed populations. We described such a simulator here. Results: We developed a forward-time simulator (AdmixSim) under the standard Wright Fisher model. It can simulate the following admixed populations: (1) multiple ancestral populations; (2) multiple waves of admixture events; (3) fluctuating population size; and (4) admixtures of fluctuating proportions. Analysis of the simulated data by AdmixSim showed that our simulator can quickly and accurately generate data resembling real-world values. We included in AdmixSim all possible parameters that would allow users to modify and simulate any kind of admixture scenario easily, so it is very flexible. AdmixSim records recombination break points and traces of each chromosomal segment from different ancestral populations, with which users can easily perform further analysis and comparative studies with empirical data. Conclusions: AdmixSim facilitates the study of population admixture by providing a simulation framework with the flexible implementation of various admixture models and parameters.
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3.8
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通讯作者：
Xu, Shuhua
DOI：
10.1126/science.1243518
发表时间：
2014-02-14
期刊：
Science (New York, N.Y.)
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--
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