Identification and Characterization of a Class of MALAT1-like Genomic Loci.
Identification and Characterization of a Class of MALAT1-like Genomic Loci.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2017.05.006
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发表时间：
2017-05-23
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Spector DL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang B;Mao YS;Diermeier SD;Novikova IV;Nawrocki EP;Jones TA;Lazar Z;Tung CS;Luo W;Eddy SR;Sanbonmatsu KY;Spector DL
MALAT 1（转移相关肺腺癌转录物1）基因编码一种非编码RNA，该RNA被加工成长核保留转录物（MALAT 1）和小细胞质tRNA样转录物（mascRNA）。使用基于RNA序列和结构的协方差模型，我们在脊椎动物基因组中鉴定了130多个含有MALAT 1 3′端三螺旋结构及其直接下游tRNA样结构的基因组位点，其中包括绿色蜥蜴Anolis carolinensis中的44个。结构和计算分析揭示了3′端模块的协同进化。Anolis carolinensis的MALAT 1样基因在成年睾丸中高度表达，因此我们将其命名为睾丸丰富的长非编码RNA（tancRNA）。MALAT 1样基因座还从反义链产生多种小RNA种类，包括piRNA。共同进化的tancRNA的3′-末端作为PIWI-piRNA复合物的潜在靶标。因此，我们已经确定了一个进化上保守的一类lncRNA具有相似的结构限制，转录后加工，亚细胞定位和精母细胞中的独特功能。
The MALAT1 (Metastasis-Associated Lung Adenocarcinoma Transcript 1) gene encodes a non-coding RNA that is processed into a long nuclear retained transcript (MALAT1) and a small cytoplasmic tRNA-like transcript (mascRNA). Using a RNA sequence- and structure-based covariance model, we identified more than 130 genomic loci in vertebrate genomes containing the MALAT1 3′-end triple helix structure and its immediate downstream tRNA-like structure, including 44 in the green lizard Anolis carolinensis. Structural and computational analyses revealed a coevolution of the 3′-end module. MALAT1-like genes in Anolis carolinensis are highly expressed in adult testis, thus we named them testis-abundant long noncoding RNAs (tancRNAs). MALAT1-like loci also produce multiple small RNA species, including piRNAs, from the antisense strand. The coevolved 3′-ends of tancRNAs serve as potential targets for the PIWI-piRNA complex. Thus, we have identified an evolutionarily conserved class of lncRNAs with similar structural constraints, post-transcriptional processing, subcellular localization and a distinct function in spermatocytes.
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