Evidence for Selection in the Abundant Accessory Gene Content of a Prokaryote Pangenome.
Evidence for Selection in the Abundant Accessory Gene Content of a Prokaryote Pangenome.
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DOI：
10.1093/molbev/msab139
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发表时间：
2021-08-23
影响因子：
10.7
通讯作者：
McInerney JO
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Whelan FJ;Hall RJ;McInerney JO
泛基因组是存在于系统进化枝中的完整基因组（核心和辅助）。我们假设泛基因组的辅助基因内容是通过选择来构建和维持的。为了检验这一假设，我们询问了40种假单胞菌属物种的基因组，以获得统计学上显著的一致性（即，共现/避免）基因模式。我们发现86.7%的共同辅助基因参与1个重合关系。此外，共同出现和/或避免彼此的基因，但不是垂直遗传的，更有可能共享功能类别，更有可能同时转录，更有可能产生相互作用的蛋白质，比预期的机会。这些结果并不是因为染色体上的重合基因彼此相邻。总而言之，这些发现表明辅助基因组被构造成在给定菌株内一起发挥作用的基因组。考虑到假单胞菌泛基因组与其他原核生物开放泛基因组的相似性，我们推测这些结果是可推广的。
A pangenome is the complete set of genes (core and accessory) present in a phylogenetic clade. We hypothesize that a pangenome’s accessory gene content is structured and maintained by selection. To test this hypothesis, we interrogated the genomes of 40 Pseudomonas species for statistically significant coincident (i.e., co-occurring/avoiding) gene patterns. We found that 86.7% of common accessory genes are involved in 1 coincident relationship. Further, genes that co-occur and/or avoid each other—but are not vertically inherited—are more likely to share functional categories, are more likely to be simultaneously transcribed, and are more likely to produce interacting proteins, than would be expected by chance. These results are not due to coincident genes being adjacent to one another on the chromosome. Together, these findings suggest that the accessory genome is structured into sets of genes that function together within a given strain. Given the similarity of the Pseudomonas pangenome with open pangenomes of other prokaryotic species, we speculate that these results are generalizable.
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影响因子：
10.7
作者：
Castresana, J
通讯作者：
Castresana, J
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts396
发表时间：
2012-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cohen O;Ashkenazy H;Burstein D;Pupko T
通讯作者：
Pupko T
影响因子：
3.4
作者：
Bobay LM;Ochman H
通讯作者：
Ochman H
影响因子：
3.2
作者：
GUILLOTON, MB;LAMBLIN, AF;FUCHS, JA
通讯作者：
FUCHS, JA
影响因子：
10.7
作者：
Katoh K;Standley DM
通讯作者：
Standley DM