Knockout of circRNAs by base editing back-splice sites of circularized exons.
Knockout of circRNAs by base editing back-splice sites of circularized exons.
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通过碱基编辑环状外显子的反向剪接位点敲除 circRNA
DOI：
10.1186/s13059-021-02563-0
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发表时间：
2022-01-10
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Yang L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gao X;Ma XK;Li X;Li GW;Liu CX;Zhang J;Wang Y;Wei J;Chen J;Chen LL;Yang L
许多环状RNA（circRNA）由前体mRNA的外显子的反向剪接产生，并且通常与同源线性RNA共表达。缺乏circRNA特异性敲除的方法，主要是由于形式之间的序列重叠。在这里，我们使用碱基编辑器（BE）来消除circRNA。通过靶向参与反向剪接和典型剪接的剪接位点，BE可以抑制环状和线性RNA。BEs主要靶向circRNA生物合成的位点，可以有效抑制环状RNA而不是线性RNA的产生。由于数百个外显子主要被反向剪接以产生circRNA，这提供了一种有效的方法来耗尽circRNA用于功能研究。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s13059-021-02563-0获得。
Many circular RNAs (circRNAs) are produced from back-splicing of exons of precursor mRNAs and are generally co-expressed with cognate linear RNAs. Methods for circRNA-specific knockout are lacking, largely due to sequence overlaps between forms. Here, we use base editors (BEs) for circRNA depletion. By targeting splice sites involved in both back-splicing and canonical splicing, BEs can repress circular and linear RNAs. Targeting sites predominantly for circRNA biogenesis, BEs could efficiently repress the production of circular but not linear RNAs. As hundreds of exons are predominantly back-spliced to produce circRNAs, this provides an efficient method to deplete circRNAs for functional study. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-021-02563-0.
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