The systematic analysis of ultraconserved genomic regions in the budding yeast
The systematic analysis of ultraconserved genomic regions in the budding yeast
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芽殖酵母超保守基因组区域的系统分析
DOI：
10.1093/bioinformatics/btx619
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发表时间：
2017-09
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
F. Gao
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Z.-K. Yang;F. Gao
在物种进化过程中，有一类特殊的序列被称为超保守序列（ultraconserved sequences，UCSs），它们在进化过程中一直保持不变，这表明这些序列对物种的生存和环境适应至关重要。然而，迄今为止，UCS仍然被认为是神秘的基因序列。在这里，我们提出了一个系统的研究超保守的基因组区域在芽殖酵母的基础上公开可用的基因组序列，以揭示它们与芽殖酵母的适应性或健身优势的关系。结果我们的研究结果表明，除了一些基本的生物学功能，UCSs在酿酒酵母适应酸性环境中发挥着重要作用，这与以前的观察得到了支持。除此之外，我们还发现高度不变的基因在其他一些途径中富集，例如营养敏感信号通路。为了便于研究独特的UCS，利用UCSC基因组浏览器来可视化酿酒酵母基因组中UCS的染色体位置和相关注释。可用性和实施有关UCS的更多详细信息，请参阅在线补充信息，并可根据要求提供自定义代码。
Motivation In the evolution of species, a kind of special sequences, termed ultraconserved sequences (UCSs), have been inherited without any change, which strongly suggests those sequences should be crucial for the species to survive or adapt to the environment. However, the UCSs are still regarded as mysterious genetic sequences so far. Here, we present a systematic study of ultraconserved genomic regions in the budding yeast based on the publicly available genome sequences, in order to reveal their relationship with the adaptability or fitness advantages of the budding yeast. Results Our results indicate that, in addition to some fundamental biological functions, the UCSs play an important role in the adaptation of Saccharomyces cerevisiae to the acidic environment, which is backed up by the previous observation. Besides that, we also find the highly unchanged genes are enriched in some other pathways, such as the nutrient‐sensitive signaling pathway. To facilitate the investigation of unique UCSs, the UCSC Genome Browser was utilized to visualize the chromosomal position and related annotations of UCSs in S.cerevisiae genome. Availability and implementation For more details on UCSs, please refer to the Supplementary information online, and the custom code is available on request.
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