A comprehensive and high-resolution genome-wide response of p53 to stress.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2014.06.030
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发表时间：
2014-07-24
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Pugh BF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chang GS;Chen XA;Park B;Rhee HS;Li P;Han KH;Mishra T;Chan-Salis KY;Li Y;Hardison RC;Wang Y;Pugh BF
肿瘤抑制因子 p53 调节应激反应基因的转录。由于 p53 在基因组中结合位置的不确定性，以及很少有基因位于 p53 结合识别元件 (RE) 附近，许多 p53 靶点仍未被发现。使用 ChIP-exo，我们将 p53 与 2,183 个未分裂 RE 相关联。 RE 在位置上受到其他 RE 和其他调控元件的限制，这可能反映了结构组织的 p53 相互作用。令人惊讶的是，应激导致 RE 附近 TFIIB 和 RNA 聚合酶 (Pol) II 的占据增加，而当 p53 存在时，这种占据减少。与应激反应基因附近的反义 RNA 相关的子集。 p53/RE、TFIB/Pol II 的高置信度位置及其响应应激的变化的组合使我们能够鉴定出 151 个高置信度 p53 调控基因，从而大大增加了 p53 靶标的数量。这些基因构成了预先定义的 DNA 损伤应激反应网络的很大一部分。因此，p53 在调节应激反应网络中发挥着全面的作用，包括调节非编码转录。
Tumor-suppressor p53 regulates transcription of stress response genes. Many p53 targets remain undiscovered due to uncertainty as to where p53 binds in the genome, and that few genes reside near p53-bound recognition elements (REs). Using ChIP-exo, we associated p53 with 2,183 unsplit REs. REs were positionally constrained with other REs and other regulatory elements, which may reflect structurally organized p53 interactions. Surprisingly, stress resulted in increased occupancy of TFIIB and RNA polymerase (Pol) II near REs, which was reduced when p53 was present. A subset associated with antisense RNA near stress-response genes. The combination of high-confidence locations for p53/REs, TFIIB/Pol II, and their changes in response to stress allowed us to identify 151 high-confidence p53-regulated genes, substantially increasing the number of p53 targets. These genes comprised a large portion of a pre-defined DNA-damage stress-response network. Thus, p53 plays a comprehensive role in regulating the stress-response network, including regulating noncoding transcription.
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