CATdb: a public access to Arabidopsis transcriptome data from the URGV-CATMA platform.
CATdb: a public access to Arabidopsis transcriptome data from the URGV-CATMA platform.
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CATDB：从URGV-CATMA平台中公开访问拟南芥转录组数据。
DOI：
10.1093/nar/gkm757
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Brunaud, Veronique
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gagnot, Severine;Tamby, Jean-Philippe;Martin-Magniette, Marie-Laure;Bitton, Frederique;Taconnat, Ludivine;Balzergue, Sandrine;Aubourg, Sebastien;Renou, Jean-Pierre;Lecharny, Alain;Brunaud, Veronique
CATdb是http://urgv.evry.inra.fr/CATdb上的一个免费资源，它提供公众访问由单一完整的拟南芥转录微阵列平台产生的大量拟南芥转录组数据。CATMA探针由150-500个碱基的基因特异性序列标签(GST)组成。CATMA的v2版本包含24576个GST探针，代表了大部分预测的拟南芥基因，以及615个探针，它们覆盖了叶绿体和线粒体基因组。从微阵列打印到数据分析，CATdb中的数据完全使用相同的标准化协议进行处理。CATdb包含53个项目的结果，包括分布在13个不同器官、49个不同发育条件、45个突变体和63个环境条件的1724个杂交样本。CATdb中包含的所有数据都可以从网站上下载，数据的子集可以按关键字、实验、基因或多达100个基因的列表进行分类和显示。CATdb提供了一张实验设计的图片，可以轻松地访问实验的完整描述。
CATdb is a free resource available at http://urgv.evry.inra.fr/CATdb that provides public access to a large collection of transcriptome data for Arabidopsis thaliana produced by a single Complete Arabidopsis Transcriptome Micro Array (CATMA) platform. CATMA probes consist of gene-specific sequence tags (GSTs) of 150–500 bp. The v2 version of CATMA contains 24 576 GST probes representing most of the predicted A. thaliana genes, and 615 probes tiling the chloroplastic and mitochondrial genomes. Data in CATdb are entirely processed with the same standardized protocol, from microarray printing to data analyses. CATdb contains the results of 53 projects including 1724 hybridized samples distributed between 13 different organs, 49 different developmental conditions, 45 mutants and 63 environmental conditions. All the data contained in CATdb can be downloaded from the web site and subsets of data can be sorted out and displayed either by keywords, by experiments, genes or lists of genes up to 100. CATdb gives an easy access to the complete description of experiments with a picture of the experiment design.
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