Evolution of codon usage in Zika virus genomes is host and vector specific.
Evolution of codon usage in Zika virus genomes is host and vector specific.
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寨卡病毒基因组中密码子使用的演变是宿主和载体特异性的。
DOI：
10.1038/emi.2016.106
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发表时间：
2016-10-12
影响因子：
13.2
通讯作者：
Tong, Yigang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Butt, Azeem Mehmood;Nasrullah, Izza;Qamar, Raheel;Tong, Yigang
病毒的密码子使用模式反映了进化变化，使它们能够优化其生存并适应外部环境，最重要的是适应宿主。在这里，我们报告了当前和之前爆发的寨卡病毒（ZIKV）毒株的基因型特异性密码子使用模式。 ZIKV 编码序列中注意到了几种基因型特异性和常见密码子使用特征，表明它们来自共同祖先的独立进化起源。自然选择的总体影响比突变压力的影响更为深远，它作用于最近爆发的亚洲基因型 ZIKV 毒株中的一组特定病毒基因。密码子适应和去优化之间的相互作用可能使病毒能够适应多种宿主和载体，这在 ZIKV 基因组中首次得到报道。将我们的密码子分析与美洲伊蚊种群的地理数据相结合表明，ZIKV 已经进化出宿主和载体特异性密码子使用模式，以在多个宿主和载体内维持成功的复制和传播链。
The codon usage patterns of viruses reflect the evolutionary changes that allow them to optimize their survival and adapt their fitness to the external environment and, most importantly, their hosts. Here we report the genotype-specific codon usage patterns of Zika virus (ZIKV) strains from the current and previous outbreaks. Several genotype-specific and common codon usage traits were noted in the ZIKV coding sequences, indicating their independent evolutionary origins from a common ancestor. The overall influence of natural selection was more profound than that of mutation pressure, acting on a specific set of viral genes in the Asian-genotype ZIKV strains from the recent outbreak. An interplay between codon adaptation and deoptimization may have allowed the virus to adapt to multiple host and vectors and is reported for the first time in ZIKV genomes. Combining our codon analysis with geographical data on Aedes populations in the Americas suggested that ZIKV has evolved host- and vector-specific codon usage patterns to maintain successful replication and transmission chains within multiple hosts and vectors.
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影响因子：
3.8
作者：
Faye O;Freire CC;Iamarino A;Faye O;de Oliveira JV;Diallo M;Zanotto PM;Sall AA
通讯作者：
Sall AA
影响因子：
5
作者：
Gu W;Zhou T;Ma J;Sun X;Lu Z
通讯作者：
Lu Z
DOI：
10.1016/j.meegid.2011.02.018
发表时间：
2011-07
期刊：
Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases
影响因子：
--
作者：
Liu YS;Zhou JH;Chen HT;Ma LN;Pejsak Z;Ding YZ;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
影响因子：
10
作者：
Behura, Susanta K.;Severson, David W.
通讯作者：
Severson, David W.
影响因子：
2.1
作者：
Benedict, Mark Q.;Levine, Rebecca S.;Lounibos, L. Philip
通讯作者：
Lounibos, L. Philip