Analysis of synonymous codon usage in SARS Coronavirus and other viruses in the Nidovirales.
Analysis of synonymous codon usage in SARS Coronavirus and other viruses in the Nidovirales.
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DOI：
10.1016/j.virusres.2004.01.006
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发表时间：
2004-05
期刊：
影响因子：
5
通讯作者：
Lu Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gu W;Zhou T;Ma J;Sun X;Lu Z
在这项研究中，我们计算了严重急性呼吸道综合征冠状病毒（SARSCoV）的密码子使用偏好，并进行了比较分析的同义密码子使用模式的SARSCoV和其他10个进化相关的病毒在Nidovirales。虽然不同SARSCoV基因的密码子使用偏好性存在显著差异，但SARSCoV基因的密码子使用偏好性较小，主要由第3位密码子的碱基组成决定。通过比较不同病毒的同义密码子使用模式，我们发现这些病毒基因的同义密码子使用模式具有病毒特异性和遗传保守性，但不具有宿主特异性。基于密码子使用模式的系统发育分析表明，SARSCoV与所有三种已知的冠状病毒都有很大的差异。组成限制可以解释这些病毒基因间同义密码子使用的大部分变异，而基因功能也在一定程度上与同义密码子使用相关。然而，翻译选择和基因长度对这些病毒基因中同义密码子使用的变化没有影响。
In this study, we calculated the codon usage bias in severe acute respiratory syndrome Coronavirus (SARSCoV) and performed a comparative analysis of synonymous codon usage patterns in SARSCoV and 10 other evolutionary related viruses in the Nidovirales. Although there is a significant variation in codon usage bias among different SARSCoV genes, codon usage bias in SARSCoV is a little slight, which is mainly determined by the base compositions on the third codon position. By comparing synonymous codon usage patterns in different viruses, we observed that synonymous codon usage pattern in these virus genes was virus specific and phylogenetically conserved, but it was not host specific. Phylogenetic analysis based on codon usage pattern suggested that SARSCoV was diverged far from all three known groups of Coronavirus. Compositional constraints could explain most of the variation of synonymous codon usage among these virus genes, while gene function is also correlated to synonymous codon usages to a certain extent. However, translational selection and gene length have no effect on the variations of synonymous codon usage in these virus genes.
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DOI：
10.1073/pnas.96.24.13910
发表时间：
1999-11-23
影响因子：
11.1
作者：
Drake, JW;Holland, JJ
通讯作者：
Holland, JJ
影响因子：
4
作者：
Ghosh, TC;Gupta, SK;Majumdar, S
通讯作者：
Majumdar, S
影响因子：
1.6
作者：
Ma, JM;Zhou, T;Lu, ZH
通讯作者：
Lu, ZH
影响因子：
3.8
作者：
Levin, DB;Whittome, B
通讯作者：
Whittome, B
影响因子：
14.9
作者：
LLOYD, AT;SHARP, PM
通讯作者：
SHARP, PM