Assessment of complement C4 gene copy number using the paralog ratio test.
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DOI：
10.1002/humu.21259
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发表时间：
2010-07
期刊：
影响因子：
3.9
通讯作者：
Vyse, Timothy J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fernando, Michelle M. A.;Boteva, Lora;Morris, David L.;Zhou, Bi;Wu, Yee Ling;Lokki, Marja-Liisa;Yu, Chack Yung;Rioux, John D.;Hollox, Edward J.;Vyse, Timothy J.
补体C4基因座位于MHC的III类区域中，并且表现出拷贝数变异。补体C4无效等位基因已显示与包括系统性红斑狼疮（SLE）在内的多种疾病相关。然而，迄今为止，大多数研究都使用蛋白质免疫表型，而不是直接询问基因组来确定C4无效等位基因状态。此外，缺乏准确的C4基因拷贝数（GCN）估计和紧密连锁不平衡的疾病相关的MHC单倍型混淆了试图建立这些协会是否是因果关系。因此，我们开发了一种与两种限制性内切酶消化变异体比率试验（REDVR）相结合的高通量parallelratio试验（PRT），以测定总C4 GCN、C4 A GCN和C4 B GCN。在密集的基因型CEU队列中，我们表明，这种方法是准确的和可重复的金标准Southern印迹拷贝数估计相比，差异率为9%。我们在CEU和1958年英国出生队列人群中发现了广泛的C4 GCN。此外，SNP-C4 CNV分析仅显示中等水平的相关性，因此不支持使用SNP基因型作为补体C4 GCN的替代物。
The complement C4 locus is in the class III region of the MHC, and exhibits copy number variation. Complement C4 null alleles have shown association with a number of diseases including systemic lupus erythematosus (SLE). However, most studies to date have used protein immunophenotyping and not direct interrogation of the genome to determine C4 null allele status. Moreover, a lack of accurate C4 gene copy number (GCN) estimation and tight linkage disequilibrium across the disease-associated MHC haplotypes has confounded attempts to establish whether or not these associations are causal. We have therefore developed a high through-put paralog ratio test (PRT) in association with two restriction enzyme digest variant ratio tests (REDVRs) to determine total C4 GCN, C4A GCN, and C4B GCN. In the densely genotyped CEU cohort we show that this method is accurate and reproducible when compared to gold standard Southern blot copy number estimation with a discrepancy rate of 9%. We find a broad range of C4 GCNs in the CEU and the 1958 British Birth Cohort populations under study. In addition, SNP-C4 CNV analyses show only moderate levels of correlation and therefore do not support the use of SNP genotypes as proxies for complement C4 GCN.
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