Encoding human serine phosphopeptides in bacteria for proteome-wide identification of phosphorylation-dependent interactions.
Encoding human serine phosphopeptides in bacteria for proteome-wide identification of phosphorylation-dependent interactions.
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DOI：
10.1038/nbt.4150
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发表时间：
2018-08
影响因子：
46.9
通讯作者：
Rinehart J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Barber KW;Muir P;Szeligowski RV;Rogulina S;Gerstein M;Sampson JR;Isaacs FJ;Rinehart J
翻译后磷酸化是人类细胞过程中必不可少的，但这种修饰的瞬时、异质性使其在天然系统中的研究复杂化。我们开发了一种方法来在蛋白质组范围内询问磷酸化及其在蛋白质-蛋白质相互作用中的作用。我们从基因上编码了记录的E中的磷酸丝氨酸。Coli，并产生了基于多肽的人丝氨酸磷酸蛋白质组的异源表达。我们设计了一个编码>；100,000个人类磷酸肽的单质粒文库，并证实了在>；36,000个这些肽中，磷酸丝氨酸被特异性地掺入其中。然后，我们将我们的磷酸肽库集成到一种称为Hi-P的方法中，以使蛋白质组水平能够筛选依赖丝氨酸磷酸化的人类蛋白质相互作用。利用Hi-P，我们发现了数百个已知的和潜在的新的具有14-3-3蛋白和WW结构域的磷酸丝氨酸依赖的相互作用。通过基序分析和使用全长磷蛋白的下拉确定，这些磷酸酶保留了天然人类磷蛋白质组的重要结合特征。这项技术可以用来询问任何有机体、组织或感兴趣的疾病中用户定义的磷酸蛋白质组。
Post-translational phosphorylation is essential to human cellular processes, but the transient, heterogeneous nature of this modification complicates its study in native systems,,. We developed an approach to interrogate phosphorylation and its role in protein-protein interactions on a proteome-wide scale. We genetically encoded phosphoserine in recodedE. coli,,and generated a peptide-based heterologous representation of the human serine phosphoproteome. We designed a single-plasmid library encoding >100,000 human phosphopeptides and confirmed the site-specific incorporation of phosphoserine in >36,000 of these peptides. We then integrated our phosphopeptide library into an approach known as Hi-P to enable proteome-level screens for serine-phosphorylation-dependent human protein interactions. Using Hi-P, we found hundreds of known and potentially new phosphoserine-dependent interactors with 14-3-3 proteins and WW domains. These phosphosites retained important binding characteristics of the native human phosphoproteome, as determined by motif analysis and pull-downs using full-length phosphoproteins. This technology can be used to interrogate user-defined phosphoproteomes in any organism, tissue, or disease of interest.
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影响因子：
56.9
作者：
Johnson, GL;Lapadat, R
通讯作者：
Lapadat, R
DOI：
10.1073/pnas.1506593112
发表时间：
2015-05-26
影响因子：
11.1
作者：
Ordureau, Alban;Heo, Jin-Mi;Harper, J. Wade
通讯作者：
Harper, J. Wade
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.8
作者：
Huttlin EL;Bruckner RJ;Paulo JA;Cannon JR;Ting L;Baltier K;Colby G;Gebreab F;Gygi MP;Parzen H;Szpyt J;Tam S;Zarraga G;Pontano-Vaites L;Swarup S;White AE;Schweppe DK;Rad R;Erickson BK;Obar RA;Guruharsha KG;Li K;Artavanis-Tsakonas S;Gygi SP;Harper JW
通讯作者：
Harper JW
DOI：
10.1042/bj20091834
发表时间：
2010-03-15
期刊：
The Biochemical journal
影响因子：
--
作者：
Johnson C;Crowther S;Stafford MJ;Campbell DG;Toth R;MacKintosh C
通讯作者：
MacKintosh C