Genomics of the Argentinian cholera epidemic elucidate the contrasting dynamics of epidemic and endemic Vibrio cholerae.
Genomics of the Argentinian cholera epidemic elucidate the contrasting dynamics of epidemic and endemic Vibrio cholerae.
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DOI：
10.1038/s41467-020-18647-7
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发表时间：
2020-10-01
影响因子：
16.6
通讯作者：
Thomson NR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dorman MJ;Domman D;Poklepovich T;Tolley C;Zolezzi G;Kane L;Viñas MR;Panagópulo M;Moroni M;Binsztein N;Caffer MI;Clare S;Dougan G;Salmond GPC;Parkhill J;Campos J;Thomson NR
为了控制和根除流行性霍乱，我们需要了解流行病如何开始，如何传播，以及如何衰退和最终结束。这就需要随着时间的推移对流行病进行广泛的抽样，同时还要考虑到可能与流行病同时存在的地方病的背景。1992 - 1998年阿根廷霍乱疫情的独特情况为这样做提供了机会。在这里，我们使用490个阿根廷霍乱弧菌基因组序列来表征流行性和地方性霍乱弧菌内部和之间的变异。我们发现，在1992 - 1998年的霍乱疫情中，不变的流行性克隆与阿根廷霍乱弧菌物种的高度多样性成员共存，我们将流行性霍乱弧菌的克隆性与当地地方病细菌的背景多样性进行了对比。我们的研究结果完善并增加了流行性和地方性霍乱的基因组定义的细微差别，并与控制当前和未来的霍乱流行直接相关。1992年，霍乱大流行再次传入阿根廷，导致疫情蔓延。在这里，作者使用全基因组测序来显示，在6年多的时间里，流行性霍乱是如何由不变的7PET谱系霍乱弧菌引起的，而背景是由不同的地方菌株引起的散发性疾病。
In order to control and eradicate epidemic cholera, we need to understand how epidemics begin, how they spread, and how they decline and eventually end. This requires extensive sampling of epidemic disease over time, alongside the background of endemic disease that may exist concurrently with the epidemic. The unique circumstances surrounding the Argentinian cholera epidemic of 1992–1998 presented an opportunity to do this. Here, we use 490 Argentinian V. cholerae genome sequences to characterise the variation within, and between, epidemic and endemic V. cholerae. We show that, during the 1992–1998 cholera epidemic, the invariant epidemic clone co-existed alongside highly diverse members of the Vibrio cholerae species in Argentina, and we contrast the clonality of epidemic V. cholerae with the background diversity of local endemic bacteria. Our findings refine and add nuance to our genomic definitions of epidemic and endemic cholera, and are of direct relevance to controlling current and future cholera epidemics. Pandemic cholera was reintroduced to Argentina in 1992, leading to epidemic spread. Here, the authors use whole genome sequencing to show how, over 6 years, epidemic cholera was caused by invariant 7PET lineage Vibrio cholerae, against a background of sporadic disease caused by diverse local strains.
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DOI：
10.1128/genomea.00098-18
发表时间：
2018-03-01
期刊：
Genome announcements
影响因子：
--
作者：
Allué-Guardia A;Echazarreta M;Koenig SSK;Klose KE;Eppinger M
通讯作者：
Eppinger M
影响因子：
3.8
作者：
Alam, Meer T.;Ray, Shrestha S.;Ali, Afsar
通讯作者：
Ali, Afsar
影响因子：
3.9
作者：
Argimón S;Abudahab K;Goater RJE;Fedosejev A;Bhai J;Glasner C;Feil EJ;Holden MTG;Yeats CA;Grundmann H;Spratt BG;Aanensen DM
通讯作者：
Aanensen DM
影响因子：
10.7
作者：
Hoang DT;Chernomor O;von Haeseler A;Minh BQ;Vinh LS
通讯作者：
Vinh LS
影响因子：
4.5
作者：
Didelot X;Pang B;Zhou Z;McCann A;Ni P;Li D;Achtman M;Kan B
通讯作者：
Kan B