EcoCyc: a comprehensive view of Escherichia coli biology.
EcoCyc: a comprehensive view of Escherichia coli biology.
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DOI：
10.1093/nar/gkn751
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Karp PD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Keseler IM;Bonavides-Martínez C;Collado-Vides J;Gama-Castro S;Gunsalus RP;Johnson DA;Krummenacker M;Nolan LM;Paley S;Paulsen IT;Peralta-Gil M;Santos-Zavaleta A;Shearer AG;Karp PD
EcoCyc(http://EcoCyc.org))提供了一本全面的大肠杆菌生物学百科全书。EcoCyc整合了有关基因组、基因和基因产物、代谢网络和大肠杆菌调控网络的信息。EcoCyc最近的发展包括一项新的倡议，以代表和管理所有类型的大肠杆菌调控过程，如衰减和小RNA的调控。EcoCyc已经开始为大肠杆菌管理基因本体论(GO)术语，并通过GO网站提供了一个E.ColiGO术语的数据集。电子转移过程的管理和可视化已得到显著改进。其他软件和网站的改进包括在EcoCyc基因组浏览器中增加轨道，特别是为显示芯片-芯片数据集而设计的轨道类型，以及开发比较基因组浏览器。一种新的基因组Omics查看器使用户能够将组学数据集绘制到完整的大肠杆菌基因组上进行分析。一个新的高级查询页面指导用户针对EcoCyc交互构建复杂的数据库查询。Macintosh版本的EcoCyc现已面市。我们提供了一系列的网络研讨会来指导用户如何使用EcoCyc。
EcoCyc (http://EcoCyc.org) provides a comprehensive encyclopedia of Escherichia coli biology. EcoCyc integrates information about the genome, genes and gene products; the metabolic network; and the regulatory network of E. coli. Recent EcoCyc developments include a new initiative to represent and curate all types of E. coli regulatory processes such as attenuation and regulation by small RNAs. EcoCyc has started to curate Gene Ontology (GO) terms for E. coli and has made a dataset of E. coli GO terms available through the GO Web site. The curation and visualization of electron transfer processes has been significantly improved. Other software and Web site enhancements include the addition of tracks to the EcoCyc genome browser, in particular a type of track designed for the display of ChIP-chip datasets, and the development of a comparative genome browser. A new Genome Omics Viewer enables users to paint omics datasets onto the full E. coli genome for analysis. A new advanced query page guides users in interactively constructing complex database queries against EcoCyc. A Macintosh version of EcoCyc is now available. A series of Webinars is available to instruct users in the use of EcoCyc.
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影响因子：
14.9
作者：
Chen Z;Lewis KA;Shultzaberger RK;Lyakhov IG;Zheng M;Doan B;Storz G;Schneider TD
通讯作者：
Schneider TD
影响因子：
11.4
作者：
PLUMBRIDGE, J
通讯作者：
PLUMBRIDGE, J
DOI：
10.1089/omi.1.2000.5.205
发表时间：
2000-01-01
期刊：
Microbial and Comparative Genomics
影响因子：
--
作者：
Serres, Margrethe Hauge;Riley, Monica
通讯作者：
Riley, Monica
影响因子：
14.9
作者：
Caspi, Ron;Foerster, Hartmut;Fulcher, Carol A.;Kaipa, Pallavi;Krummenacker, Markus;Latendresse, Mario;Paley, Suzanne;Rhee, Seung Y.;Shearer, Alexander G.;Tissier, Christophe;Walk, Thomas C.;Zhang, Peifen;Karp, Peter D.
通讯作者：
Karp, Peter D.
影响因子：
14.9
作者：
Gama-Castro S;Jiménez-Jacinto V;Peralta-Gil M;Santos-Zavaleta A;Peñaloza-Spinola MI;Contreras-Moreira B;Segura-Salazar J;Muñiz-Rascado L;Martínez-Flores I;Salgado H;Bonavides-Martínez C;Abreu-Goodger C;Rodríguez-Penagos C;Miranda-Ríos J;Morett E;Merino E;Huerta AM;Treviño-Quintanilla L;Collado-Vides J
通讯作者：
Collado-Vides J