Quantitative measures for the management and comparison of annotated genomes.
Quantitative measures for the management and comparison of annotated genomes.
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DOI：
10.1186/1471-2105-10-67
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发表时间：
2009-02-23
影响因子：
3
通讯作者：
Yandell M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Eilbeck K;Moore B;Holt C;Yandell M
测序和注释的基因组的数量不断增加，使得管理它们的注释成为一项重要的任务，特别是对于包含数千个基因的大型真核基因组。通常情况下，基因和转录本数量的变化用于总结版本之间的变化，但这些措施并没有说明单个注释的变化，也没有提供任何方法来识别需要人工审查的注释。作为回应，我们已经开发了一套定量措施，以更好地表征基因组注释在版本之间的变化，并优先考虑有问题的注释进行人工审查。我们已经将这些措施应用于五个真核生物基因组的注释超过多个版本- H。sapiens、M. musculus、D. melanogaster、黑腹拟步行虫A. gambiae和C.优美的我们的研究结果提供了这些基因组注释多年来如何变化的第一个详细的历史概述，并证明了这些措施对基因组注释管理的有用性。
The ever-increasing number of sequenced and annotated genomes has made management of their annotations a significant undertaking, especially for large eukaryotic genomes containing many thousands of genes. Typically, changes in gene and transcript numbers are used to summarize changes from release to release, but these measures say nothing about changes to individual annotations, nor do they provide any means to identify annotations in need of manual review. In response, we have developed a suite of quantitative measures to better characterize changes to a genome's annotations between releases, and to prioritize problematic annotations for manual review. We have applied these measures to the annotations of five eukaryotic genomes over multiple releases – H. sapiens, M. musculus, D. melanogaster, A. gambiae, and C. elegans. Our results provide the first detailed, historical overview of how these genomes' annotations have changed over the years, and demonstrate the usefulness of these measures for genome annotation management.
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